劳动合同中约定每天工作9小时，其合法性需根据具体情况判断。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、标准工时制度下的分析
一般情况：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条及《国务院关于职工工作时间的规定》第三条，国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过40小时的工时制度。因此，在标准工时制度下，劳动合同中约定每天工作9小时，超出了法律规定的8小时上限，一般是不合法的。
特殊情况：
- 如果用人单位因生产经营需要，且经与工会和劳动者协商后，可以延长工作时间。但一般每日不得超过1小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过3小时，但是每月不得超过36小时。这意味着，在某些特定情况下，如紧急生产任务或突发事件处理，劳动者可能需要加班至9小时甚至更长，但这需要有合法的加班审批程序和相应的补偿措施（如支付加班费或安排补休）。若符合这些条件，9小时的工作安排可能是合法的。
二、特殊工时制度下的分析
综合计算工时工作制：
- 对于某些特殊行业或岗位，如交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊需连续作业的职工，以及地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工，可以实行综合计算工时工作制。
- 在综合计算工时工作制下，只要在一个综合工时计算周期内的总工作时间数不超过以标准工时制计算的应当工作的总时间数，即不视为加班。因此，在这些特殊行业下，即使单日工作时间达到9小时，只要总工作时间符合规定，也是合法的。但实行此工时制度需要经过劳动行政部门审批。
不定时工作制：
- 对于企业中的高级管理人员、外勤人员、推销人员、部分值班人员和其他因工作无法按标准工作时间衡量的职工，可以实行不定时工作制。
- 在不定时工作制下，劳动者的工作时间不受每日8小时的限制，用人单位无需支付延长工作时间的加班工资。若是不定时工作制岗位且经过审批，9小时工作安排不涉及加班工资问题，也是合法的。
三、合同有效性及劳动者权益保护
- 如果劳动合同中关于9小时工作时间的约定违反了法律强制性规定（如未支付加班工资且无合法工时制度审批），该条款可能无效或部分无效。
- 如果用人单位通过欺诈、胁迫手段使劳动者签订包含9小时工作时间条款的合同，劳动者有权请求劳动争议仲裁机构或人民法院确认该条款无效。
- 劳动者权益保护建议：
- 与用人单位协商：劳动者首先可以与用人单位友好协商，要求合理调整工作时间或支付相应的加班工资。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权对用人单位的劳动用工情况进行监督检查，并责令用人单位改正违法行为。
- 申请劳动仲裁：劳动者也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付加班工资、调整工作时间等，以维护自己的合法权益。
四、建议
- 对于劳动者：在签订劳动合同时应仔细阅读合同条款，确保工作时间和劳动报酬等权益得到保障。如发现违法或不合理条款，应及时与用人单位沟通协商或寻求法律援助。
- 对于用人单位：应严格遵守国家劳动法规，合理安排劳动者的工作时间和休息时间，保障劳动者的身心健康和合法权益。同时，加强内部管理，完善规章制度，确保企业的合法合规运营。
综上所述，劳动合同中约定9小时工作的合法性需根据具体的工时制度、合同有效性及是否遵守相关法律法规来判断。双方都应充分了解相关法律法规和自身权益，确保合同的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。