结论前置：当借条中盖有公司的公章且有股东的签字时，诉讼时的被告选择需根据借款行为的性质及借款的实际用途来确定。一般来说，若借款行为代表公司，则起诉公司；若借款行为同时涉及股东个人利益或实际用于股东个人消费等，则可能需要将股东与公司列为共同被告。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与行为性质
法律依据：
- 根据《中华人民共和国公司法》第三条，公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。这意味着，如果借款行为是公司的真实意思表示，且借款用于公司的经营活动，那么公司应当承担还款责任。
- 同时，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，法定代表人因执行职务造成的损害由法人承担民事责任。在借条上，如果股东（尤其是作为法定代表人的股东）的签字代表其以公司的名义进行借款行为，那么产生的法律效果应归属于公司。
行为性质：
- 借条上同时出现公司盖章和股东签字，通常被视为公司的单位行为，尤其是当签字股东是法定代表人时。股东在此情境下的签字是履行职务行为，代表的是公司而非个人。
- 公司公章作为公司身份和权力的象征，其出现在借条上即表示公司对该笔债务的认可和承担。
二、不同情形下的起诉策略
借款主体是公司的情况：
- 情形分析：如果借款行为是公司的真实意思表示，且借款用于公司的生产经营、业务拓展等公司相关事务，那么该借款应当由公司承担还款责任。
- 起诉策略：此时应当以公司为被告提起诉讼。需提供的证据包括公司的财务账目记录、借款资金流向公司账户的凭证、与借款用途相关的合同或协议等。
股东与公司共同借款的情况：
- 情形分析：若借款既用于公司事务，同时股东个人也使用了该借款，或者存在个人利益与公司利益混同的情况，则股东和公司可能构成共同借款人。
- 起诉策略：在这种情况下，可以将公司和股东列为共同被告提起诉讼。需提供的证据包括借款资金流向股东个人账户的记录、股东个人财产与公司财产混同的相关证据等。
股东个人借款的情况：
- 情形分析：尽管借条上盖有公司公章，但如果有充分证据证明借款是股东的个人行为，与公司的经营活动无关，则该借款应由股东个人承担还款责任。
- 起诉策略：此时应以股东为被告提起诉讼。需提供的证据包括股东借款后将款项用于个人消费的凭证、股东在借款时明确表示是个人借款的相关证据等。
特殊情况：
- 如果借条上同时有借款个人的签名（非股东或非法定代表人）和公司公章，且借款打入股东个人账户，这可能构成表见代理或共同借款行为。在这种情况下，借款人个人、股东和公司可能需要对债务承担连带责任。但具体是否构成表见代理或共同借款，还需根据具体情况和法律规定来判断。
三、总结与建议
综上所述，当借条中盖有公司的公章且有股东的签字时，诉讼时的被告选择需根据借款行为的性质及借款的实际用途来确定。在大多数情况下，如果借款行为代表公司且用于公司事务，则应起诉公司作为被告。然而，在特定情况下，如借款涉及股东个人利益或实际用于股东个人消费等，可能需要将股东与公司列为共同被告。
在实际操作中，建议您根据具体情况收集相关证据，并仔细分析借款行为的性质及借款的实际用途。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。