工作日休息扣底薪是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法情况
公司规章制度或劳动合同中有明确规定：
- 如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了在工作日休息的情况下会扣除底薪，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司扣除底薪的行为可能是合法的。但前提是，这些规章制度或劳动合同条款必须经过民主程序制定，并且已经向员工进行了公示或告知。
员工存在过错或违反公司规定：
- 如果员工在工作日休息是因为自身过错（如旷工、迟到早退等）或违反了公司的相关规定，公司根据规章制度扣除底薪作为处罚，这种行为在合理范围内也是合法的。但同样，扣除的金额和方式必须符合法律法规和劳动合同的规定。
二、不合法情况
公司规章制度或劳动合同中无相关规定：
- 如果公司的规章制度或劳动合同中没有明确规定在工作日休息会扣除底薪，那么公司擅自扣除底薪的行为就是不合法的。员工有权要求公司补发被扣除的工资，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
扣除底薪违反法律法规的强制性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规的规定，用人单位不得随意扣除劳动者的工资。如果公司扣除底薪的行为违反了这些强制性规定，那么该行为就是不合法的。例如，公司不能以员工未完成工作任务为由扣除底薪，除非双方在劳动合同中有明确约定，并且这种扣除方式符合法律法规的规定。
三、法律建议
审查公司规章制度和劳动合同：
- 员工应仔细审查公司的规章制度和劳动合同，了解其中关于工资扣除的规定。如果发现公司存在不合法的扣除行为，应及时与公司沟通并要求补发工资。
保留证据并寻求法律援助：
- 如果公司拒绝补发工资或员工对公司的扣除行为有异议，员工应保留好相关证据（如工资条、考勤记录、公司规章制度等），并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。在必要时，员工还可以寻求专业律师的法律援助，以维护自己的合法权益。
总结来说，工作日休息扣底薪是否合法取决于公司的规章制度、劳动合同以及具体的扣除原因。如果公司扣除底薪的行为符合法律法规和劳动合同的规定，那么该行为就是合法的；否则，就是不合法的。员工在遇到此类问题时，应仔细审查相关规定并保留好证据，以便在必要时维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。