企业实行综合计算工时制度时，若未经劳动行政部门审批或综合计算周期内总实际工作时间超过总法定标准工作时间且未依法支付加班工资，则超时工作构成违法。以下是对此问题的详细分析：
一、综合计算工时工作制的规定
根据《中华人民共和国劳动法》及相关法规，对于因生产特点无法实行标准工时制的企业，经劳动行政部门批准，可以实行综合计算工时工作制。这种工时制度以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，但其平均日工作时间和周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
二、违法界限
未经审批：实行综合计算工时工作制必须经劳动行政部门审批。若企业未经审批自行实施，则属于违法行为。
超时工作且未支付加班工资：在综合计算周期内，若总实际工作时间超过总法定标准工作时间，且超过部分未依法支付加班工资，同样构成违法。具体来说，如果在一个综合计算周期内（如一个月），劳动者的总工作时间超过了法定标准工作时间（如176小时，即22天×8小时），且企业未按照法律规定支付加班工资，那么这种超时工作就是违法的。
三、法律后果与劳动者权益保护
法律后果：企业若违反工时制度规定，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括警告、罚款等。同时，企业还可能需要向劳动者支付违法延长工作时间的工资报酬及赔偿金。
劳动者权益保护：劳动者有权拒绝企业的违法超时工作安排，并有权向劳动监察部门投诉举报。若企业因此解除与劳动者的劳动合同，劳动者还可以依法主张经济补偿或赔偿金。
四、建议与提醒
企业应主动遵守法律：企业应充分了解并遵守劳动法关于工时制度的规定，合理安排劳动者的工作和休息时间，确保劳动者的身心健康和工作生活平衡。
劳动者应增强维权意识：劳动者应了解自己的权益和义务，当发现企业存在违法超时工作时，应及时向劳动监察部门投诉举报，以维护自己的合法权益。
双方应协商解决争议：在发生工时制度争议时，企业和劳动者应首先通过协商解决。若协商无果，可以依法申请劳动仲裁或提起诉讼。
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