结论：在国企单位上班超时一般是不合法的，但具体是否违法需结合加班时长、加班频率、是否支付加班费以及是否经过必要审批程序等因素综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、法律规定层面

根据《劳动法》的相关规定，劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时。用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。这意味着，如果国企单位安排员工加班的时间超出了上述法定限制，且未经过必要的审批程序或未与员工协商一致，那么这种超时上班的行为就是违法的。

二、加班费支付层面

即使国企单位因生产经营需要安排员工加班，且加班时间在法定限制之内，但如果未按照法律规定支付加班费，那么这种超时上班的行为也可能构成违法。根据《劳动法》的规定，安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。如果国企单位未按照这些规定支付加班费，员工有权要求单位补发，并可能因此向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。

三、审批程序层面

对于某些特殊行业或岗位，如交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等，由于生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，可能需要经常加班。但即便如此，这些行业的国企单位在安排员工加班时，也需要经过必要的审批程序，并确保加班时间在法定限制之内。如果未经审批或加班时间超出法定限制，那么这种超时上班的行为同样可能构成违法。

四、实际操作建议

1. 保留证据：如果你认为自己在国企单位的上班时间超出了法定限制，且单位未支付相应的加班费或未经过必要的审批程序，那么建议你保留好相关的证据，如考勤记录、加班通知、工资条等。
2. 与单位协商：在保留好证据后，你可以先尝试与单位进行协商，要求单位纠正违法行为并支付相应的加班费。
3. 寻求法律援助：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

最后，我想强调的是，劳动法是为了保护劳动者的合法权益而制定的，任何单位和个人都应当遵守。如果你在国企单位上班时遇到了超时上班等违法行为，不要害怕或犹豫，及时寻求法律援助是你的合法权益。如果你还有其他关于劳动工伤或劳动仲裁方面的问题，欢迎直接向我咨询。