公司诈骗员工工资是否等于涉案金额，主要取决于员工对公司诈骗行为的知情程度及参与情况。以下是对此问题的详细分析：

1. 员工对诈骗行为不知情的情况

   • 法律分析： 若员工对公司的诈骗行为毫不知情，或虽知情但未参与其中且未从中直接获利，其工资则不属于赃款。在此情形下，员工正常履行工作职责并获得相应报酬，这是基于合法的劳动关系和劳动付出所获得的合理收入，受法律保护。
   • 法律依据：
     • 《中华人民共和国刑法》第十六条：非出于故意或过失，而是由于不能抗拒或不能预见的原因导致的损害结果，不构成犯罪。
     • 《中华人民共和国民法典》第一百二十二条：不当得利应返还受损者（此条虽不直接涉及诈骗案，但说明了非基于合法原因获得的利益应返还的原则，间接支持了员工在不知情情况下获得工资的合法性）。

2. 员工明知并参与诈骗活动的情况

   • 法律分析： 若员工明知公司从事诈骗活动仍积极参与其中，无论是以何种形式（如提供协助、隐瞒真相等），其都构成了诈骗犯罪的共犯。在这种情况下，员工所获得的工资实际上是诈骗所得的一部分，即非法所得，应当被视为赃款，并依法予以追缴。
   • 法律依据：
     • 《中华人民共和国刑法》第二十五条：共同犯罪是指二人以上共同故意犯罪。
     • 《中华人民共和国刑法》第六十四条：犯罪分子违法所得的一切财物及其孳息，应予追缴或责令退赔。

3. 特殊情况处理

   • 对于某些特殊情况，如员工虽然对公司的诈骗行为有所知晓，但并未直接参与诈骗活动，也未从中获取额外利益，其工资的处理则需根据具体证据和司法机关的判断来决定。这可能涉及对员工在公司中的角色、职责以及实际行为的深入调查和分析。例如，若员工仅是普通职员，对诈骗行为仅有所耳闻，并未实际参与或从中获利，其工资可能不被视为赃款。

总结与建议：

• 在处理诈骗案中员工工资是否属于赃款的问题时，应充分考虑员工的知情程度、参与情况以及工资来源的合法性等因素。
• 司法机关应根据具体证据进行细致判断，以确保法律的公正适用和保护无辜者的合法权益。
• 对于员工而言，若对公司行为存在疑虑，应及时咨询法律专业人士，了解自身权益和义务，避免卷入不必要的法律纠纷。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供详细的法律建议。