关于国企扣年底绩效奖金是否合法的问题，这主要取决于劳动合同中的约定以及绩效考核制度的合法性和合理性。以下是对此问题的详细解答：
首先，我们需要明确的是，绩效工资是劳动者工资构成的重要组成部分，如果劳动合同或企业规章制度中已经明确约定了工资构成为基本工资和绩效工资，那么公司通过绩效考核来扣除绩效工资在理论上是合理合法的，但前提是这种扣除必须遵循一定的规则和程序。
一、劳动合同中的约定
明确约定：如果劳动合同中已经明确约定了绩效工资的具体内容，包括考核标准、考核周期、绩效工资的发放条件等，那么公司根据这些约定进行绩效考核并扣除绩效工资是合法的。
未明确约定：如果劳动合同中没有明确约定绩效工资的相关内容，那么公司单方面扣除绩效工资则可能构成违法行为。
二、绩效考核制度的合法性和合理性
即使劳动合同中约定了绩效工资，公司扣除绩效工资也必须满足以下条件：
扣除后工资不低于最低工资标准：扣除绩效工资后，劳动者的实际工资不得低于当地的最低工资标准。
绩效考核制度公示：绩效考核制度必须经过公示程序，确保劳动者了解并同意该制度。
告知并签字确认：绩效考核制度需要告知员工本人，并由员工签字确认。这通常会在劳动合同中或者单独的考核协议中体现。
不存在恶意考核：绩效考核必须客观、公平、合理、科学，不能存在恶意考核的情况。
三、国企的特殊性
对于国企而言，由于其性质和管理方式的特殊性，其薪酬结构和绩效考核制度可能更加复杂和严格。但是，无论国企还是私企，都必须遵守劳动法的相关规定，保障劳动者的合法权益。
四、实际案例分析
以厦门某销售型A公司为例，该公司未与员工在合同或协议上进行考核事项的约定，只对考核制度进行了公示，并未与考核人员进行协商确认，就强制性地实施了绩效考核并扣除工资。这种行为被认定为违法扣除，因为公司未与员工就绩效考核和工资扣除达成一致意见。
五、建议
审查劳动合同：劳动者应仔细审查劳动合同中关于绩效工资的约定，确保自己的权益得到保障。
了解绩效考核制度：劳动者应了解公司的绩效考核制度，包括考核标准、考核周期、绩效工资的发放条件等。
维护自身权益：如果公司存在违法扣除绩效工资的行为，劳动者可以向劳动监察部门投诉或者提起劳动仲裁来维护自己的合法权益。
综上所述，国企扣年底绩效奖金是否合法取决于劳动合同中的约定以及绩效考核制度的合法性和合理性。如果公司能够满足上述条件并依法进行绩效考核和工资扣除，那么这种行为是合法的；否则，则可能构成违法行为。