企业在职工休年休假期间一般不应扣减其绩效奖金，这是职工的合法权益。以下从法律规定、企业常见做法、特殊情况及法律后果等多个角度为你详细分析：
一、法律规定层面
《职工带薪年休假条例》第二条明确规定，机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假，且职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这里的“工资收入”应做广义理解，包括基本工资、奖金、津贴等各类劳动报酬。
《企业职工带薪年休假实施办法（2008年版）》第十一条进一步细化了相关规定，指出计算未休年休假工资报酬的日工资收入按照职工本人的月工资除以月计薪天数（21.75天）进行折算，同时强调职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。实行计件工资、提成工资或者其他绩效工资制的职工，日工资收入的计发办法也按照此规定执行。
二、企业常见做法
不扣绩效奖金：大多数规范的企业会遵循法律法规，保障员工休年假的权益，在员工休年假时，按照其正常工作期间的绩效考核标准和应得绩效奖金进行发放。例如一些大型国有企业、外资企业以及管理规范的民营企业，会将绩效奖金视为对员工全年工作表现的一种激励，只要员工在休假前的工作表现符合考核要求，就不会因为休年假而扣除绩效奖金。
按规则调整：部分企业可能会制定自己的绩效考核和年假管理制度。比如，有些企业的绩效奖金是根据月度或季度的工作成果来评定的，如果员工在某个考核周期内休了较长时间的年假，导致该周期内的实际工作时间减少，可能会影响其当期的绩效评定结果，进而使绩效奖金有所降低。但这种情况需要企业在制度中明确规定，并且要向员工进行公示和说明，确保制度的合法性和合理性。
三、特殊情况
违反公司规定：如果员工在休年假的过程中违反了公司的相关规定，如未按照规定流程提前申请年假、在年假期间从事与公司业务相竞争的活动等，公司可能会根据内部规章制度对员工进行相应的处罚，其中可能包括扣除部分绩效奖金。不过，这种扣除需要有明确的制度依据和合理的事实理由，不能随意以休年休假为由扣发奖金。
企业经营困难：在企业面临严重经营困难的情况下，可能会出现无法按时足额支付员工工资和绩效奖金的情况。但即便如此，企业也不能单纯以员工休年假为由扣除绩效奖金，而是应该通过合法的程序，如与员工协商、调整薪酬结构等方式来解决问题。
四、法律后果
如果企业扣减职工年休假期间的奖金，属于克扣工资的行为，违反了《中华人民共和国劳动法》的相关规定。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条和第九十一条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
五、建议
对于企业：应严格遵守相关法律法规，保障职工的年休假权益，不得随意扣减职工年休假期间的奖金。如需制定绩效考核和年假管理制度，应确保制度的合法性和合理性，并向员工进行公示和说明。
对于职工：在遭遇企业扣减年休假期间奖金的情况时，应及时与企业沟通协商，了解扣减的具体原因和依据。如认为企业的行为违法，可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身合法权益。
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