公司只发现金避税是不合法的。以下从几个角度详细分析这一问题：

1. 税收法规的遵循：

   • 根据我国税收法规，公司应当按照规定的方式和期限缴纳税款，这包括代扣代缴员工的个人所得税。公司只发现金而不进行税务申报和缴纳，显然违反了税收法规的规定。
   • 税务部门有权对公司的税务情况进行检查和审计，如果发现公司存在避税行为，将会对公司进行税务处罚，包括补缴税款、加收滞纳金以及罚款等。

2. 现金交易的监管：

   • 现金交易虽然在一定程度上具有灵活性，但也存在难以监管的问题。公司只发现金而不通过银行转账等方式进行，容易引发资金流动的透明度问题，增加税务部门对公司财务状况的监管难度。
   • 在反洗钱等金融监管背景下，大量现金交易也可能引起相关部门的注意，对公司造成不必要的麻烦和风险。

3. 员工权益的保护：

   • 公司只发现金而不提供工资单或税务证明等文件，可能损害员工的合法权益。员工在无法获得正规工资单的情况下，难以证明自己的收入情况，进而影响其办理贷款、租房等个人事务。
   • 如果公司存在避税行为，员工也可能因此承担不必要的税务风险。例如，如果公司未代扣代缴个人所得税，员工可能需要自行补缴税款并承担滞纳金等费用。

4. 法律后果的考量：

   • 公司如果因为避税行为被税务部门查处，不仅需要补缴税款和缴纳罚款，还可能面临声誉损失和业务受限等后果。在严重的情况下，公司甚至可能面临法律诉讼和刑事责任。
   • 对于公司负责人和相关责任人员，也可能因为避税行为而承担个人法律责任，包括罚款、拘留甚至刑事处罚等。

建议：

• 公司应当严格遵守税收法规，按照规定的方式和期限缴纳税款，确保税务合规。
• 公司应当建立完善的财务管理制度，规范现金交易和工资发放等流程，提高资金流动的透明度。
• 公司应当加强员工税务知识的培训和教育，提高员工的税务意识和合规意识，共同维护公司的税务健康。

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