公司追究员工拿回扣的途径主要包括以下几种，我将从法律程序、内部管理、证据收集等角度为你详细分析：

1. 内部处理途径
   公司可依据内部规章制度（如《员工手册》《廉洁从业制度》）对涉事员工进行处分，包括警告、记过、降职、解除劳动合同等。若公司规章制度明确规定“收受回扣属于严重违纪行为”，且该制度已通过民主程序制定并公示，公司可依法单方解除劳动合同，无需支付经济补偿。
   关键点：需确保规章制度合法有效，且处理程序符合《劳动合同法》规定（如提前通知工会、听取员工申辩等）。

2. 刑事报案途径
   若员工收受回扣金额较大（通常为6万元以上），可能构成《刑法》中的非国家工作人员受贿罪。公司可向公安机关经侦部门报案，由司法机关立案侦查。若员工被认定犯罪，除承担刑事责任外，公司还可通过刑事附带民事诉讼追偿损失。
   关键点：需收集充分证据（如回扣转账记录、合作方证言、书面协议等），并确保报案材料符合刑事立案标准。

3. 民事索赔途径
   公司可依据《民法典》第1165条，以员工侵犯公司财产权为由提起民事诉讼，要求返还回扣款项并赔偿损失（如因员工行为导致的合同违约损失、商誉损失等）。
   关键点：需证明员工行为与损失之间的因果关系，且索赔金额需有明确计算依据。

4. 劳动仲裁途径
   若公司以员工严重违纪为由解除劳动合同，员工可能申请劳动仲裁主张违法解除赔偿金。此时公司需举证证明员工存在收受回扣行为，且规章制度已明确该行为属于解除情形。
   关键点：劳动仲裁中公司承担主要举证责任，需提前固定证据（如员工自认书、第三方调查报告等）。

实务建议：

• 证据固定：优先通过书面形式固定证据（如要求员工签署《情况说明》、留存微信聊天记录等），避免单纯依赖口头陈述。
  
• 程序合规：内部处理时严格遵循规章制度程序，避免因程序瑕疵导致处分无效。
  
• 刑事风险隔离：若涉及高管或关键岗位人员，需评估是否可能牵连单位犯罪（如《刑法》第164条对单位行贿罪的规定），及时采取合规整改措施。
  

如有具体案件细节（如回扣金额、证据形式、员工岗位等），可进一步向我咨询，我会结合实际情况为你分析风险点及应对策略。