结论：在合同中同时约定违约金和滞纳金，但法院最终只支持违约金的情形，主要基于法律对违约金和滞纳金性质的界定，以及法院在审理案件时对公平、合理原则的考量。以下是对此问题的详细分析：
一、违约金与滞纳金的法律性质
违约金：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
- 违约金的主要功能是弥补守约方因违约行为所遭受的损失，具有补偿性。在约定合理的情况下，法院通常会予以支持。
滞纳金：
- 滞纳金更多见于行政管理领域，作为对行政相对人的一种惩罚性措施。
- 在民商事合同中，双方约定的类似滞纳金性质的条款，实质上应被视为违约金的一种形式，但因其带有一定的惩罚性，法院在审查时会更为严格。
二、法院只支持违约金的可能原因
重复惩罚问题：
- 若合同中同时约定了违约金和滞纳金，且两者均针对同一违约行为，法院可能会认为这构成了对违约方的双重惩罚，违反了公平原则。
- 在此情况下，法院可能会选择支持其中一种（通常是违约金），而驳回另一种（滞纳金），以避免对违约方造成过重的负担。
滞纳金约定不合理：
- 若滞纳金的约定明显过高，超出了守约方实际损失的合理范围，法院可能会根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条的规定，对滞纳金进行调整或不予支持。
- 法院在调整时，会综合考虑合同履行情况、当事人过错程度以及预期利益等因素，确保调整后的结果既公平又合理。
法律适用问题：
- 在某些特定类型的合同中（如借款合同），法律可能对违约金和滞纳金的适用有明确规定。若合同中的约定与法律规定相悖，法院可能会依据法律规定进行判决。
- 例如，在借款合同中，若法律明确规定了逾期利息的上限，而合同中约定的滞纳金超过了这一上限，法院可能会不予支持。
三、建议
合理约定违约金和滞纳金：
- 在签订合同时，双方应充分考虑违约可能造成的损失，并合理约定违约金和滞纳金的数额和计算方式。
- 避免约定过高或过低的违约金和滞纳金，以免在发生纠纷时得不到法院的支持。
明确约定适用条件：
- 在合同中明确约定违约金和滞纳金的适用条件，避免在发生纠纷时因约定不明而产生争议。
- 例如，可以约定在何种情况下适用违约金、在何种情况下适用滞纳金，以及两者是否可以同时适用等。
寻求法律帮助：
- 若在签订合同或发生纠纷时对违约金和滞纳金的约定存在疑问，建议及时咨询专业律师，以确保合同的合法性和有效性。
最后，若您在合同纠纷中遇到了类似问题，或有其他任何法律疑问，都可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。