结论：在部门撤销、员工同意调岗的情况下，公司若想解除协议，需依据具体情况判断其合法性。若公司解除协议的行为不符合法律规定，员工有权要求公司继续履行协议或支付赔偿金。
分析如下：
部门撤销与调岗的合法性：
- 部门撤销属于公司经营自主权的范畴，但公司在行使这一权利时，需遵循法律法规，不得损害员工的合法权益。
- 员工同意调岗，表明双方就工作岗位的变更达成了合意。调岗应合理，且不得降低员工的工资待遇、职务级别等核心利益，除非双方另有约定或法律另有规定。
公司解除协议的合法性判断：
- 若公司解除协议的理由合法：如员工存在严重违反公司规章制度、不能胜任工作且经过培训或调岗后仍不能胜任、严重失职或营私舞弊给公司造成重大损害等情形，公司有权依据《劳动合同法》的相关规定解除劳动合同，但需提前通知员工或支付代通知金，并支付经济补偿金（在符合法定情形时）。然而，在部门撤销且员工已同意调岗的情况下，公司通常难以直接以这些理由解除协议，除非调岗后员工仍存在上述问题。
- 若公司解除协议的理由不合法：如公司仅以部门撤销为由，未经与员工协商一致，擅自解除劳动合同，则构成违法解除。根据《劳动合同法》的规定，员工有权要求公司继续履行劳动合同，或者要求公司支付赔偿金（即经济补偿金的两倍）。
员工权益保护：
- 员工在面对公司解除协议的情况时，应首先要求公司出具书面解除通知，并明确解除理由。
- 若员工认为公司解除协议的行为违法，可以与公司协商解决；协商不成的，可以向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 在仲裁或诉讼过程中，员工需提供证据证明公司解除协议的行为违法，如调岗协议、公司解除通知、工资单、工作记录等。
建议：
- 对于员工而言，在面对部门撤销和调岗的情况时，应仔细阅读调岗协议，确保自己的权益不受损害。若公司提出解除协议，应要求公司出具书面通知，并明确解除理由。若认为公司解除行为违法，应及时寻求法律援助或向劳动争议仲裁机构申请仲裁。
- 对于公司而言，在行使经营自主权时，应遵循法律法规，尊重员工的合法权益。在部门撤销或调岗时，应与员工充分沟通，确保调岗的合理性和合法性。若需解除劳动合同，应依据法律规定进行，避免违法解除带来的法律风险。
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