结论：厂里从9万多的赔偿中扣除1万多作为税是否合法，这取决于多个因素，包括赔偿的性质、税法规定以及是否存在合法的税务筹划或协议安排。一般情况下，若赔偿属于个人所得税应税项目且未达到免税标准，厂里作为支付方有义务代扣代缴个人所得税，但具体扣除金额需依据税法规定计算，不能随意扣除。以下是对此问题的详细分析：
一、赔偿的性质与税法规定
赔偿性质：
- 如果这9万多的赔偿是工伤赔偿，根据《中华人民共和国个人所得税法》及相关规定，工伤赔偿（包括一次性伤残补助金、一次性工伤医疗补助金、一次性伤残就业补助金等）通常是免税的。因此，厂里不应从工伤赔偿中扣除任何税款。
- 如果赔偿并非工伤赔偿，而是其他类型的赔偿（如经济补偿金、违约金等），则可能需要根据税法规定缴纳个人所得税。
税法规定：
- 根据《中华人民共和国个人所得税法》，个人所得税的应税项目包括工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得，特许权使用费所得，经营所得，利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得，以及偶然所得等。
- 如果赔偿属于上述应税项目之一，且未达到免税标准，则需缴纳个人所得税。
二、代扣代缴义务与计算方式
代扣代缴义务：
- 根据税法规定，支付所得的单位或个人（如厂里）有义务代扣代缴个人所得税。这意味着，如果赔偿需要缴纳个人所得税，厂里应在支付赔偿时一并扣除并代缴。
计算方式：
- 个人所得税的计算方式取决于赔偿的性质和金额。对于经济补偿金等，可能适用超额累进税率或比例税率。
- 计算公式示例（假设赔偿属于经济补偿金且需缴纳个人所得税）：
- 应纳税所得额 = 赔偿金额 - 免税额（如有）- 专项扣除（如社保、公积金等，如有）- 专项附加扣除（如子女教育、继续教育等，如有）
- 应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数
- 注意：实际计算时需根据最新的税法规定和税率表进行，且可能涉及复杂的税务筹划和申报流程。因此，不能简单地认为从9万中扣除1万多就是合法的或合理的。
三、合法性与合理性分析
合法性：
- 厂里从赔偿中扣除税款的行为必须合法，即必须符合税法规定。如果赔偿属于免税项目或扣除的税款金额不符合税法规定，则厂里的行为可能违法。
合理性：
- 即使赔偿需要缴纳个人所得税，厂里扣除的税款金额也应合理。如果扣除的税款金额过高或过低，都可能引发争议或法律风险。
四、建议与行动
核实赔偿性质：
- 首先，您需要核实这9万多的赔偿具体是什么性质的赔偿（如工伤赔偿、经济补偿金等），以确定是否需要缴纳个人所得税。
咨询税务部门或专业律师：
- 如果赔偿需要缴纳个人所得税，但您对扣除的税款金额有疑问或认为不合理，建议咨询当地税务部门或专业律师（如我），以获取更准确的税务筹划和法律建议。
保留相关证据：
- 在处理此类问题时，请务必保留好所有相关的证据和文件（如赔偿协议、税务申报表等），以便在需要时提供证明。
总之，厂里从9万多的赔偿中扣除1万多作为税是否合法，取决于赔偿的性质、税法规定以及是否存在合法的税务筹划或协议安排。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。