结论：上班三个半月中途借支，最后算账扣一万多是否违法，不能一概而论，需要结合具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同和公司规章制度的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了工资的支付方式、时间以及借支和扣除的相关条款，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照合同约定进行扣除可能是合法的。
- 例如：合同中约定，员工可以借支，但需在工资结算时扣除，且扣除金额不得超过当月工资的某个比例。如果公司按照这一约定进行扣除，且扣除金额合理，那么就是合法的。
公司规章制度：
- 如果公司有明确的规章制度，规定了借支和扣除的具体办法，且这些规章制度已经通过民主程序制定并公示，员工也已知悉并同意，那么公司按照规章制度进行扣除也可能是合法的。
- 但需注意：规章制度的制定必须合法合规，不能侵犯员工的合法权益。如果规章制度中的扣除条款违反了法律法规的强制性规定，那么这些条款是无效的。
二、从法律法规的角度
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 如果公司扣除的金额超过了员工应得的工资，或者扣除的理由不合法（如以罚款为由扣除工资），那么公司的行为就是违法的。
扣除限额：
- 即使公司有合法的扣除理由，扣除的金额也有限制。一般来说，扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 计算公式：假设员工当月工资为W，扣除金额为D，则应满足：\(D \leq 0.2W\)，且\(W - D \geq\) 当地最低工资标准。
- 如果扣除一万多超过了上述限额，那么公司的行为就是违法的。
三、从实际操作的角度
沟通协商：
- 如果员工对公司扣除的金额有异议，首先应该与公司进行沟通协商，了解扣除的具体原因和依据。
- 如果公司能够提供合理的解释和依据，且扣除金额合法合规，那么员工可能需要接受这一结果。
投诉举报：
- 如果员工认为公司的扣除行为违法，可以向当地的劳动保障监察部门投诉举报，要求相关部门进行调查处理。
- 在投诉举报时，员工需要提供相关的证据材料，如劳动合同、工资条、借支记录等，以证明公司的扣除行为违法。
法律途径：
- 如果投诉举报未能解决问题，员工还可以通过法律途径来维护自己的合法权益，如申请劳动仲裁或提起诉讼。
建议：如果你对公司的扣除行为有异议，建议先与公司进行沟通协商，了解具体情况。如果协商无果，可以向当地的劳动保障监察部门投诉举报或寻求法律途径解决。如果你需要进一步的法律帮助或咨询，可以直接向我提问，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。