当非法集资的老板跑路时，员工应采取以下措施来保护自身权益并协助司法机关调查：

1. 立即报案并配合调查

   • 重要性：非法集资属于刑事犯罪，员工应第一时间向当地公安机关报案，让警方介入调查。这有助于最大化地减少经济损失，并有可能追回被骗的资金。
   • 具体行动：员工应详细陈述自己所了解的公司运营情况、业务模式、工作职责以及与非法集资相关的具体细节。提供的信息越详细准确，越有助于司法机关快速掌握案件情况。同时，员工应积极配合警方的询问，如实回答问题，不隐瞒或编造事实，并提供关键线索，如老板可能的藏匿地点、资金去向等。

2. 收集并保存证据

   • 出资证明：员工应妥善保存所有与非法集资相关的出资证明文件，如合同、收据、转账记录等。这些文件在理赔和追诉过程中至关重要。
   • 其他证据：除了出资证明，员工还应收集公司宣传资料、会议记录、聊天记录等其他与非法集资有关的证据。这些证据有助于证明公司的违法行为和员工的知情程度。

3. 关注警方申报通告

   • 员工应密切关注警方发布的申报通告，按照要求及时办理申报手续。这有助于在警方成功追回赃款后，员工能够获得相应的赔偿。

4. 评估自身法律责任

   • 咨询法律意见：员工应尽快向我咨询，详细介绍自己在公司的工作情况，包括入职时间、工作岗位、薪资待遇等，以及是否参与了非法集资的核心环节。
   • 区分不同情形：
     • 一般员工：如果员工只是普通行政、后勤、技术等岗位人员，没有直接参与非法集资业务活动，且对公司非法集资行为并不知情，通常不需要承担刑事责任。但应配合司法机关的调查，提供相关信息。
     • 业务相关员工：若员工参与了非法集资业务，如负责宣传推广、吸收资金等工作，其责任将根据在犯罪中的作用、参与程度、主观故意等因素来判断。若能证明自己在主观上并不明知或所起作用较小，量刑时可以从轻、减轻处罚或者免除处罚。

5. 维护自身合法权益

   • 工资追讨：员工可以通过合法途径追讨被拖欠的工资，如向劳动争议调解组织申请调解，或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向法院申请强制执行。
   • 其他权益：员工还应关注社会保险、住房公积金等其他权益问题，并向相关部门反映情况，要求公司依法补缴。

6. 加强法律意识与防范

   • 员工应加强法律意识，避免参与任何非法集资活动。在日常生活中，也要提高警惕，防范类似风险。例如，对于高息诱惑、虚假宣传等要保持理性判断，不轻易相信陌生人的投资建议或承诺。

总结来说，当非法集资的老板跑路时，员工应迅速采取行动，既保护自身权益，又积极协助司法机关调查。在整个过程中，保持与我的紧密联系，确保行动合法合规，是维护自身权益的关键。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。