建筑工程已经竣工验收合格且甲方已经使用，现在发现质量瑕疵，处理方式需根据具体情况来确定，以下是几种可能的情况及对应的处理建议：

1. 质量瑕疵属于保修范围：

   • 法律背景：根据《建设工程质量管理条例》及相关法律法规，建设工程在保修范围和保修期限内发生质量问题的，施工单位应当履行保修义务，并对造成的损失承担赔偿责任。保修范围通常包括地基基础工程、主体结构工程，以及屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏，供热与供冷系统，电气管线、给排水管道、设备安装和装修工程等。
   • 处理建议：甲方应首先通知施工单位进行维修。施工单位在接到通知后，应在约定的时间内到达现场进行勘察，并制定维修方案。若施工单位拒绝维修或未在规定时间内进行维修，甲方可以自行或委托第三方进行维修，并要求施工单位承担相应的维修费用及因此造成的损失。

2. 质量瑕疵不属于保修范围或已过保修期限：

   • 法律背景：若质量瑕疵不属于保修范围或已超过保修期限，施工单位可能不再承担保修义务。但若质量瑕疵是由于施工单位的过错导致的，如使用不合格材料、施工工艺存在缺陷等，施工单位仍可能需承担相应的法律责任。
   • 处理建议：甲方可以与施工单位协商解决，要求施工单位承担修复费用或赔偿损失。若协商不成，甲方可以委托有资质的鉴定机构对质量瑕疵进行鉴定，并根据鉴定结果向施工单位主张权利。必要时，甲方可以通过诉讼或仲裁等法律途径解决争议。

3. 质量瑕疵影响结构安全或使用功能：

   • 法律背景：若质量瑕疵严重影响建筑物的结构安全或使用功能，如地基下沉、主体结构开裂等，这可能构成严重的质量问题，甚至可能涉及刑事责任。
   • 处理建议：甲方应立即停止使用建筑物，并通知施工单位及相关部门进行紧急处理。同时，甲方可以委托有资质的鉴定机构对建筑物的结构安全进行鉴定，并根据鉴定结果采取相应的措施，如加固、拆除等。若施工单位拒绝承担责任或处理不当，甲方可以向相关部门投诉或寻求法律援助。

在处理此类问题时，甲方还需注意以下几点：

• 保留证据：甲方应妥善保存与工程质量瑕疵相关的所有证据，如验收报告、使用记录、照片、视频等，以便在需要时提供证明。
• 及时沟通：甲方应与施工单位保持及时沟通，明确问题所在及处理方案，避免问题扩大化。
• 寻求专业帮助：若甲方对质量问题处理不熟悉或无法与施工单位达成一致，可以寻求专业律师或相关机构的帮助，以维护自身合法权益。

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