工程验收通过后发现瑕疵，可按以下步骤处理：

1. 明确瑕疵性质与责任归属
   首先需区分瑕疵是“质量缺陷”还是“一般瑕疵”。根据《民法典》第799条及《建设工程质量管理条例》，若瑕疵影响结构安全或主要使用功能（如地基沉降、主体结构裂缝），属于质量缺陷，承包人需承担修复、返工或赔偿责任；若仅为外观瑕疵（如墙面轻微色差、局部不平整），可通过协商解决。
   关键点：验收通过不免除承包人对隐蔽瑕疵的责任，但需证明瑕疵在验收时已存在且未被发现。

2. 核查验收程序合法性
   若验收程序存在瑕疵（如未按规定通知所有参建方、未使用标准验收表格），可主张验收无效，要求重新验收。根据《建设工程质量管理条例》第16条，验收需满足“完成合同约定内容、有完整技术档案、有主要建材试验报告等条件”，若未满足，业主有权拒绝接收工程。
   示例：若承包人未提交消防验收合格证明，业主可主张验收程序违法，要求整改后重新验收。

3. 协商与整改优先
   根据《民法典》第801条，业主应先通知承包人修复，承包人需在合理期限内完成。若承包人拒绝或拖延，业主可自行修复并索赔费用，或委托第三方修复后追偿。
   操作建议：书面发送《瑕疵整改通知》，明确瑕疵位置、修复要求及期限，保留送达证据（如EMS回执、微信记录）。

4. 索赔与诉讼路径
   若协商无果，可依据《民法典》第577条主张违约责任，要求赔偿修复费用、工期延误损失等。诉讼时需提供：

   • 验收报告（证明验收时未发现瑕疵）；
     
   • 瑕疵证据（照片、视频、检测报告）；
     
   • 损失证明（修复合同、发票、工期延误计算）。
     注意：诉讼时效为3年，自知道瑕疵之日起算。

5. 保修期内的特殊规则
   若瑕疵在保修期内出现（根据《建设工程质量管理条例》第40条，基础设施工程为设计文件规定的合理使用年限，屋面防水为5年），业主可直接要求承包人免费维修，无需另行主张赔偿。
   例外：若瑕疵因业主使用不当造成，承包人可免责。

总结建议：

• 立即固定瑕疵证据（委托第三方检测更佳）；
  
• 书面通知承包人整改，保留沟通记录；
  
• 若协商不成，尽快委托律师发送律师函或起诉，避免超过诉讼时效。
  

如有具体合同条款或瑕疵细节，可进一步向我咨询，我会结合条款分析责任比例。