结论：协议只盖公章而法人不签字，在一般情况下是有效的，但也存在特殊情况下可能无效的风险。具体效力需根据相关法律法规、合同条款以及实际情况来判断。
一、一般情况下的有效性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这表明，盖章或签字都是合同成立的有效方式。因此，在法律未特别规定必须签字，或当事人之间未约定合同必须签字的情况下，仅盖公章的合同是具有法律效力的。
- 公章作为法人权利的象征，其加盖通常被视为法人对相关协议或文件的认可和授权。
具体解释：
- 在商业实践中，公章的使用非常普遍，它代表了法人的正式意志。只要公章的加盖是真实的，且合同内容符合合同生效的基本条件（如行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定等），那么即使法人没有签字，该协议仍然是有效的。
二、特殊情况下的可能无效性
合同中的特殊约定：
- 如果协议中有明确条款约定必须同时签字并加盖公章才能生效，那么在这种情况下，仅有公章而无法人签字的协议将无法生效。这种约定体现了双方对合同生效条件的特别约定，应当遵循当事人的意思自治原则。
公章加盖过程存在瑕疵：
- 如果公章的加盖过程存在瑕疵，如非法定代表人或授权人员加盖、公章被盗用或伪造等，那么该协议的效力可能会受到影响。此时，法院可能会要求提供更多证据来证明公章的加盖是经过法人授权的。
涉及重大事项或纠纷：
- 如果协议涉及重大事项或在履行过程中出现纠纷，而对方对公章的加盖过程或法人的授权提出质疑，那么仅盖公章可能无法充分证明协议的效力。在这种情况下，法院可能会综合考虑各种因素来判断协议的效力。
三、建议与总结
建议：
- 为了确保协议的法律效力并降低风险，建议在签署协议时尽量做到签字与盖章同时具备。这不仅可以增强协议的正式性和可信度，还可以减少因协议效力问题而产生的法律争议。
- 如果确实无法同时签字和盖章，可以在协议中明确约定签字与盖章具有同等法律效力，或者通过其他方式（如电子邮件、短信等）确认法人的授权和认可。
总结：
- 协议只盖公章而法人不签字在一般情况下是有效的，但具体效力还需根据相关法律法规、合同条款以及实际情况来判断。在签署协议时，应谨慎对待签字和盖章问题，确保协议的合法性和有效性。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。