协议上公司股东只盖公章而法人未签字，该协议在多数情况下仍然是有效的，但具体效力还需结合公司章程和实际情况来判断。以下是从不同角度的详细分析：
公章的法律效力：
- 公章是公司对外进行民事活动的重要凭证，代表公司的意志和身份。在公司法实践中，公司公章被视为公司行为的有效表示。因此，如果协议上加盖了公司的公章，这通常被视为公司对该协议的认可和确认，增强了协议的法律效力。
公司章程的特殊规定：
- 尽管公章具有法律效力，但公司章程可能对协议的签订程序和内容有特别规定。例如，公司章程可能要求法人股东在协议上既要盖章又要法定代表人或授权代表签字。如果仅盖章而不签字，可能不符合章程规定，从而导致协议存在效力瑕疵。因此，在具体情况下，需仔细审查公司章程的相关条款，以确定协议的有效性。
协议内容的合法性与真实性：
- 除了公章和公司章程的规定外，协议的内容也必须合法且真实。如果协议内容违反了国家法律、行政法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫等违背股东真实意思的情况，那么该协议将被认定为无效。因此，在签订协议时，必须确保协议内容的合法性和真实性。
实际操作建议：
- 为了确保协议的严谨性和避免潜在纠纷，建议在实际操作中尽可能同时获得法人股东的盖章和法定代表人的签字。这样不仅可以更清楚地表明协议的真实性和合法性，还有助于提高协议的执行力，减少后续可能出现的争议和风险。
举例说明：
假设某公司股东之间签订了一份合作协议，协议上加盖了公司的公章，但法人股东未签字。如果公司章程没有特别规定要求法人股东必须签字，且协议内容合法、真实，那么该协议在法律上通常是有效的。然而，如果公司章程明确规定法人股东必须签字，或者协议内容存在违法或欺诈情况，那么该协议可能无效。
可能产生的法律后果：
- 如果协议有效，那么各方股东应按照协议约定履行各自的义务，否则可能面临违约责任等法律后果。
- 如果协议无效，那么各方股东可能无法依据协议主张权利或要求对方履行义务，且可能因签订无效协议而承担一定的法律责任。
综上所述，协议上公司股东只盖公章而法人未签字的有效性需结合公司章程和实际情况来判断。为了确保协议的严谨性和法律效力，建议在实际操作中尽可能遵循公司章程的规定，并同时获得法人股东的盖章和法定代表人的签字。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。