结论：只盖公司公章但没有法定代表人签字的协议，其有效性并非绝对，而是取决于多种因素，包括相关法律法规、合同或文件的具体类型以及当事人的约定。在一般情况下，公司盖章即代表公司的意思表示，具备使合同等文件生效的法律效力；但在特定情况下，如法律有特别规定或当事人有特别约定，则可能需要法定代表人签名才能生效。
一、一般情况下的有效性分析
盖章行为的法律效力：
- 公司公章是公司处理内外部事务的印鉴，盖上公章表示公司对该文件内容的认可和承担相应的法律责任。因此，从法律层面看，盖章行为本身能够代表公司的意思表示，使合同等文件具备法律效力。
- 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这一条款明确了签名、盖章或按指印在合同成立上的同等效力。
法定代表人签名的非绝对性：
- 法定代表人是代表公司行使职权的负责人，其签名可代表公司。然而，并非所有文件都必须由法定代表人亲自签名才有效。在一般商业活动中，公司盖章通常足以证明文件的来源和真实性。
二、特殊情况下的有效性分析
法律、行政法规的特殊规定：
- 如果法律、行政法规明确规定合同必须经过法定代表人签字才生效，那么仅有公司盖章而无法定代表人签名，合同将不发生法律效力。例如，涉及金融监管、特定行业准入等方面的合同可能有此类要求。
当事人的特别约定：
- 如果合同双方在合同中明确约定，合同必须同时有公司盖章和法定代表人签名才生效，那么缺少任一要素都将导致合同未满足生效条件。
地区差异与内部授权机制：
- 不同国家和地区对于公司盖章和法定代表人签名的要求可能存在差异。在某些地方，公司盖章可能具有更高的法律效力；而在其他地方，则可能更看重法定代表人的个人签名。
- 如果公司内部有明确的授权机制，允许特定人员代表公司签署文件，并且这一机制在法律上得到认可，那么即使这些文件上没有法定代表人的签名，也可能被视为有效。
三、建议与风险提示
审查合同条款与法律法规：
- 在签订合同时，应仔细审查合同条款及相关法律法规，确保合同内容合法、有效，并明确约定合同生效的条件和方式。
确保盖章与签名的完备性：
- 为避免未来可能产生的纠纷和风险，建议在签订合同时尽量确保公司盖章和法定代表人签名的完备性。如果因特殊原因无法同时获得盖章和签名，应确保合同内容不违反法律法规的强制性规定，并尽可能通过其他方式证明文件的真实性和合法性。
咨询专业法律意见：
- 在处理涉及重要合同或法律文件时，如有任何疑问或不确定之处，应及时向我咨询以获取专业的法律意见和指导。
作为专业律师，我建议你在签订合同时务必谨慎对待盖章和签名问题，确保所有必要的法律手续均已完备。如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。