只有法人签字和公章的协议，在符合相关法律法规和双方真实意愿的情况下，通常是有效且合法的。不过，协议的有效性并非仅由法人签字和公章决定，还需考虑其他多种因素。以下是对这一问题的详细分析：
一、协议有效性的基本要素
- 双方意思表示真实：协议是双方自愿达成的，必须反映双方的真实意愿。这是协议有效的前提条件。
- 不违反法律法规：协议内容不得违反国家法律法规的强制性规定，否则协议无效。
- 具备法定形式（如需要）：对于某些特定类型的协议，法律可能规定了特定的形式要求，如书面形式、公证等，需遵守相关规定。
二、法人签字与公章的法律效力
- 法人签字：法人或法定代表人的签字是表示公司同意协议内容的一种方式，具有法律效力。它代表了法人的真实意愿和承诺。
- 公章：公章是公司意志的体现，依法刻制并经过工商机关登记备案的公章具有公示效力。在商业交易和法律事务中，加盖公章通常被视为公司的意思表示，能够代表公司对外订立协议及从事其他法律行为。
三、只有法人签字和公章协议的有效性分析
有效的情况：
- 公章与签字均真实：如果协议上的公章和法人签字都是真实的，且协议内容不违反法律法规，那么该协议通常是有效的。
- 符合表见代理的情形：如果协议签订人持有公司公章，且相对人有理由相信其有代理权（如该员工在公司担任一定职务，或公司曾授权其签订类似协议），即使实际上未获得明确授权，依据表见代理的法律规定，协议依然有效。
- 公司内部管理规范与交易习惯：如果公司内部管理规范严格，公章使用有明确授权和记录，或者存在只盖公章不额外要求法人签字的交易习惯和行业惯例，那么只有法人签字和公章的协议通常被视为有效。
可能无效的情况：
- 公章或签字被伪造：如果公章或法人签字是被他人伪造或盗用后加盖/签署在协议上的，并非公司的真实意思表示，那么该协议对公司不具有法律效力。
- 违反法律法规的强制性规定：如果协议内容本身违反了国家法律法规的强制性规定，如涉及非法活动或严重损害社会公共利益，那么即使加盖了公章和法人签字，协议也无效。
- 违背公序良俗：如果协议内容违背社会公德或公共秩序，同样会导致协议无效。
四、实际操作中的建议
- 确保公章与签字的真实性：在签订协议时，应仔细核实公章和法人签字的真实性，避免使用伪造或盗用的公章和签字。
- 明确协议内容：协议内容应清晰、明确，不违反法律法规和公序良俗，确保双方的真实意愿得到准确表达。
- 完善内部管理：公司应建立健全的公章管理制度，明确公章的使用权限和程序，防止公章被滥用或盗用。
- 保留相关证据：在协议签订和履行过程中，应保留好相关证据，如沟通记录、履行情况等，以备不时之需。
总结来说，只有法人签字和公章的协议在符合相关法律法规和双方真实意愿的情况下通常是有效且合法的。但为了确保协议的有效性和减少潜在纠纷，建议在签订协议时仔细核实公章和法人签字的真实性，明确协议内容，并完善内部管理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。