合作协议中，法人不签字仅盖公司章在一般情况下是有效的，但具体效力还需根据相关法律法规、合同条款以及实际情况来判断。以下从多个角度为您详细分析：
一、法律依据与一般情况下的有效性
根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这表明，盖章或签字都是合同成立的有效方式。在法律未特别规定必须签字，或当事人之间未约定合同必须签字的情况下，仅盖公章的合同是具有法律效力的。公章作为法人权利的象征，其加盖通常被视为法人对相关协议或文件的认可和授权。
二、合同有效性的其他判断因素
除了是否签字或盖章外，合同的有效性还取决于以下关键因素：
合同当事人的民事行为能力：合同当事人必须是具有完全民事行为能力的自然人、法人或其他组织。这是合同生效的基本前提。如果法人不具备相应的民事行为能力，如处于清算阶段或已被注销，那么其签订的合同可能无效。
意思表示的真实性：合同内容必须是当事人真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等违法情形。这是确保合同公平、公正的基础。如果法人是在被欺诈或胁迫的情况下加盖公章，那么合同可能因意思表示不真实而无效。
合同内容的合法性：合同内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。这是维护社会公共利益和公共秩序的需要。如果合同内容违法，如涉及走私、贩毒等犯罪行为，那么即使加盖了公章，合同也是无效的。
三、特殊情况下的无效或存在风险
尽管一般情况下仅盖公章的合同是有效的，但在以下特殊情况下，合同的效力可能会受到影响：
存在纠纷时效力存疑：如果协议涉及重大事项或在履行过程中出现纠纷，而对方对公章的加盖过程或法人的授权提出质疑，那么仅盖公章可能无法充分证明合同的效力。此时，法院可能会要求提供更多证据来证明公章的加盖是经过法人授权的，如法人内部的授权文件、公章使用记录等。
违反特定规定或约定：如果法律法规有特别规定，或合同双方事先明确约定必须有法人签字才能生效，那么仅盖公章的合同将被认定为无效。这是基于法律的强制性规定或当事人之间的特别约定。例如，某些金融合同可能要求法人必须签字并加盖公章才能生效。
需要办理批准等手续的情况：如果合同涉及需要办理批准等法定手续的事项，如外商投资、土地使用权转让等，未办理相关手续可能影响合同的生效。但这种情况下，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。即使合同因未办理批准手续而无效，但双方仍需按照合同约定履行报批等义务。
四、建议与总结
为了确保合同的法律效力并降低风险，建议在签署合同时遵循以下原则：
尽量同时签字和盖章：以提供最充分的证据证明合同的成立和生效。如果法人无法亲自签字，可以授权其代表人签字，并加盖公章。
明确合同中的各项条款和内容：确保所有相关方都了解并同意合同的内容。在合同中明确约定生效条件、违约责任等关键条款，以避免后续争议。
遵循相关法律法规的规定：确保合同的合法性和有效性。在签订合同前，对合同内容进行法律审查，确保不违反法律法规的强制性规定。
综上所述，合作协议中法人不签字仅盖公司章在一般情况下是有效的，但具体情况还需综合考虑法律法规、合同条款以及实际情况来判断。在签署合同时，应谨慎对待并确保合同的合法性和有效性。如果您在合同签订或履行过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。