用人单位扣除自主发放给员工的奖金，若该奖金属于劳动合同中约定之外的、用人单位自主决定的奖励性质款项，且扣除行为不违反法律法规及劳动合同的约定，则一般不算克扣工资；但若该奖金虽名义上为自主发放，实则属于员工应得劳动报酬的一部分（如基于全年工作业绩考核发放的年终奖），则用人单位扣除可能构成克扣工资。以下从不同角度进行分析：

一、从劳动合同约定的角度

如果劳动合同中明确约定了薪资不包括年终奖金，且年终奖金的发放条件、标准等也由用人单位自主决定，并未在合同中明确为员工的固定劳动报酬部分。那么，在这种情况下，用人单位扣除自主发放的年终奖金，一般不构成克扣工资。因为用人单位有权根据自身的经营状况和员工的绩效表现，自主决定是否发放以及发放多少年终奖金。

二、从法律法规的角度

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这里的“工资”通常指的是劳动者按照劳动合同约定，应当获得的固定劳动报酬。如果年终奖金并不属于劳动合同中约定的固定劳动报酬部分，而是用人单位自主决定的奖励性质款项，那么扣除该部分款项可能不直接违反此条款。

2. 然而，如果年终奖金实际上构成了员工应得劳动报酬的一部分，比如用人单位在招聘时承诺了年终奖金，或者年终奖金的发放与员工的工作业绩、出勤情况等紧密相关，且已经成为员工预期中的固定收入来源，那么用人单位扣除年终奖金就可能构成克扣工资。因为这种情况下，年终奖金已经不再是用人单位自主决定的奖励，而是员工应得的劳动报酬。

三、从实际案例与司法实践的角度

在实际案例中，已有多个法院判例支持了劳动者追讨被克扣年终奖金的诉求。例如，在某些案件中，法院明确指出，用人单位以劳动者离职为由拒发年终奖金的行为违反了法律规定，应予以纠正。这些案例表明，如果年终奖金属于员工应得劳动报酬的一部分，用人单位无权随意克扣。

四、法律建议

1. 对于劳动者而言：如果认为用人单位扣除的年终奖金属于自己应得劳动报酬的一部分，可以先与用人单位进行协商，要求用人单位支付被扣除的年终奖金。如果协商无果，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。

2. 对于用人单位而言：在制定年终奖金发放政策时，应当明确年终奖金的性质、发放条件、标准等，并在劳动合同中或者规章制度中予以明确。同时，用人单位应当遵守法律法规的规定，不得随意克扣员工的年终奖金。

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