结论前置：您与A公司签订劳动合同，但工资由B公司发放的情况，可能涉及多种法律关系和潜在风险。以下从不同角度为您详细分析并给出建议。

一、情况分析与合理性判断

1. 劳动合同的法律效力：

   • 劳动合同是确定您与A公司劳动关系的核心依据。首先，您应仔细查阅劳动合同中关于工资支付、社保缴纳及工作职责的条款，确认是否有第三方支付工资的约定或说明。
   • 若合同中未明确约定工资由B公司支付，而实际由B公司支付，这可能构成合同变更或违约，需进一步核实原因。

2. 沟通了解原因：

   • 与A公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，明确这种安排的原因（如集团公司内部调配、委托支付等），并询问其合法合规性及对员工权益的影响。
   • 若公司未事先沟通且擅自操作，可能违反劳动合同及相关法律法规，您有权要求公司作出合理解释并保障您的合法权益。

3. 劳动关系认定风险：

   • 工资发放主体与劳动合同主体不一致，可能导致劳动关系不明确，增加在劳动纠纷时责任推诿的风险。
   • 您需警惕并采取措施确保劳动关系清晰可辨，如要求公司出具书面说明或变更劳动合同。

二、可能存在的风险

1. 劳动关系认定风险：

   • 如前所述，不一致的操作可能影响劳动关系的法律认定，使您在主张权益时面临困难。

2. 工资支付风险：

   • B公司可能未按劳动合同约定的工资标准支付工资，或存在拖欠、克扣工资的情况。
   • 您应保留工资条、银行流水等证据，以证明实际工资支付情况。

3. 社保权益风险：

   • 若社保由另一公司（如C公司）缴纳，可能存在未按实际工资标准足额缴纳社保的情况，影响您未来的社保待遇。
   • 您应核实社保缴纳记录，确保社保权益不受损害。

三、处理建议

1. 与公司沟通协商：

   • 明确原因和权益保障：要求A公司对工资由B公司支付的情况作出合理解释，并确保您的合法权益不受侵害。
   • 协商变更合同或完善手续：如为长期安排，可与A公司协商变更劳动合同，明确B公司代发工资的事宜，或在合同中约定各方权利和义务。亦可要求A公司出具委托协议，明确支付责任和方式。

2. 收集和保留证据：

   • 保存相关材料：收集劳动合同、工资条、银行流水、社保缴纳记录、工作证、考勤记录、工作邮件等证据，以证明您与A公司的劳动关系及工资支付情况。
   • 记录沟通情况：详细记录与公司沟通的时间、地点、参与人员、内容等，保存聊天记录和邮件内容，以备不时之需。

3. 采取法律措施：

   • 向劳动监察部门投诉：若沟通无果，可向当地劳动监察部门投诉，提供证据材料，要求其调查处理。
   • 申请劳动仲裁：如劳动监察部门处理结果不满意，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提供充分证据证明您的主张。
   • 提起诉讼：对劳动仲裁结果不服时，可在规定期限内向人民法院提起诉讼，通过司法途径维权。

四、总结与进一步行动

面对此类复杂的劳动关系情况，您应保持冷静并谨慎处理。通过核实合同内容、沟通了解情况、收集证据材料以及采取适当法律措施，您可以有效维护自己的合法权益。务必确保劳动关系清晰明确，避免因公司的不规范操作导致不必要的损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。