结论前置：与A公司签订劳动合同，但工资由B公司发放，这种情况确实可能带来一些潜在问题，主要包括劳动关系认定风险、社保权益风险以及劳动权益保障风险。下面我将从这几个方面详细分析，并给出相应的处理建议。
一、可能存在的问题
劳动关系认定风险：
- 劳动合同是确定劳动关系的法律依据。若工资由B公司发放，而劳动合同是与A公司签订，这可能导致在发生劳动纠纷时，劳动关系认定变得复杂。公司可能试图推诿责任，增加你的维权难度。
社保权益风险：
- 社保缴纳通常与劳动合同主体一致。若B公司发放工资，但社保由其他公司（如C公司，虽未直接提及但为常见情况）缴纳，可能存在未按实际工资标准足额缴纳社保的风险，这将影响你未来的社保待遇，如养老金、医疗保险等。
劳动权益保障风险：
- 工资发放和社保缴纳主体与劳动合同主体不一致，可能增加你在证明劳动关系、主张加班费、经济补偿等权益时的成本。在劳动仲裁或诉讼中，你可能需要提供更多证据来证明与A公司的劳动关系。
二、处理建议
与公司沟通协商：
- 明确原因和权益保障：首先，与A公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解这种安排的具体原因，并询问其合法合规性及对员工权益的影响。要求公司确保你的合法权益不受侵害。
- 协商变更合同或完善手续：若这种安排是长期的，你可以与A公司协商变更劳动合同，明确B公司代发工资的事宜，或在合同中增加相关条款，约定各方权利和义务。也可以要求A公司出具委托协议，明确B公司代发工资的合法性和责任划分，以避免后续纠纷。
收集和保留证据：
- 保存相关材料：收集并保存劳动合同、工资条、银行流水（显示B公司发放工资的记录）、社保缴纳记录（如有）、工作证、考勤记录、工作邮件等证据材料。这些证据将在证明劳动关系和主张权益时发挥重要作用。
- 记录沟通情况：详细记录与公司沟通的时间、地点、参与人员、内容等，并保存聊天记录和邮件内容。这些记录可以作为你与公司沟通协商的证据。
采取法律措施（如必要）：
- 向劳动监察部门投诉：若与公司沟通无果，你可以向当地劳动监察部门投诉，提供证据材料，要求其调查处理。劳动监察部门有权对公司进行调查，并责令其改正违法行为。
- 申请劳动仲裁：如劳动监察部门处理结果不满意，你可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在仲裁过程中，你需要提供充分证据证明你的主张，如劳动关系存在、工资发放情况等。
- 提起诉讼：对劳动仲裁结果不服时，你可以在规定期限内向人民法院提起诉讼。通过司法途径维权时，你需要准备充分的证据材料，并遵循法院的诉讼程序。
三、总结与提醒
面对此类复杂的劳动关系情况，你应保持冷静并谨慎处理。首先，通过核实合同内容、沟通了解情况来明确自己的权益；其次，收集并保留相关证据材料以备不时之需；最后，在必要时采取法律措施来维护自己的合法权益。务必确保劳动关系清晰明确，避免因公司的不规范操作导致不必要的损失。
如果你在此过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。作为专业律师，我将竭诚为你提供法律支持。