工程项目提成在多数情况下属于工资的一部分，但具体是否与工资一起发放，需依据劳动合同约定、企业规章制度及实际情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、工程项目提成与工资的关系
一般情况：
- 根据《关于工资总额组成的规定》，工资总额包括奖金等直接支付给职工的劳动报酬。工程项目提成作为一种奖励性报酬，与员工完成特定工程项目的工作成果直接相关，通常被视为工资的一部分。
- 工资通常由基本工资、绩效工资、奖金等组成。工程项目提成作为员工因完成工程项目而获得的额外收入，与其在项目中的工作表现和贡献紧密相连，是对其劳动成果的经济回报。
特殊情况：
- 如果员工与单位之间存在合作经营或承包关系，且员工承包工程项目并自负盈亏，此时的提成更类似于合作经营的利润分配，可能不属于工资范畴，因此也不一定会与工资一起发放。
- 若提成来源于不正当的商业回扣，这种回扣并非基于员工的正常劳动付出，而是通过违规手段获取的利益，显然不属于工资的合法组成部分，更不会与工资一起发放。
二、提成发放方式的判断因素
劳动合同约定：
- 如果企业在劳动合同中明确约定了工程项目提成的性质、计算方式及支付时间（如与工资一起发放或单独发放），那么应按照合同约定执行。
企业规章制度：
- 企业规章制度中也可能对工程项目提成的发放方式作出规定。如果规章制度中明确规定了提成与工资一起发放，那么企业应遵守该规定。
实际情况与行业惯例：
- 在实际操作中，工程项目提成的发放方式还可能受到项目进度、资金状况、行业惯例等因素的影响。例如，有些企业可能选择在项目完成后一次性发放提成，而有些企业则可能选择按月或按季度与工资一起发放。
三、法律建议
明确约定：
- 为避免后续争议，建议企业和员工在签订劳动合同时明确约定工程项目提成的性质、计算方式及支付时间等关键条款。这样有助于员工对自己的收入构成有清晰的预期，也便于企业进行工资管理和核算。
遵守法律法规：
- 企业在发放工程项目提成时，应遵守相关法律法规的规定，确保提成的合法性和合规性。例如，不得将提成作为不正当商业回扣的发放渠道，也不得通过提成来规避税收等法律义务。
及时沟通与协商：
- 如果员工对工程项目提成的发放方式有疑问或不满，应及时与企业进行沟通与协商。通过友好协商，双方可以达成共识并找到合理的解决方案。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。