核心结论：针对您提出的“工程施工跟项目经理签字协议，工程做完了公司不认可怎么办”的问题，这主要涉及到合同效力及责任归属的法律问题。以下是从不同角度为您详细分析的情况及建议：

1. 协议效力问题

   • 项目经理权限：首先，需要确认项目经理在签署该协议时是否具有公司的明确授权。若项目经理是在其职权范围内签署的协议，且该协议内容合法合规，那么该协议对公司具有约束力。反之，若项目经理超越职权范围或未经公司授权签署协议，则该协议可能对公司不产生法律效力。
   • 表见代理情况：即便项目经理未经公司明确授权，但如果相对方（即您）有理由相信项目经理有权代表公司签署协议，且这种相信是合理的，那么根据表见代理的原则，该协议仍可能对公司产生法律效力。这通常要求项目经理在签署协议时出示了足以让相对方相信其有权代表公司的文件或行为。

2. 公司不认可的处理方式

   • 协商沟通：建议首先与公司进行协商沟通，明确公司不认可的具体原因，并尝试通过友好协商的方式解决争议。在协商过程中，可以出示与项目经理签署的协议及相关证据，以证明自己的权益。
   • 法律途径：若协商无果，您可以考虑通过法律途径维护自己的权益。这包括向法院提起诉讼或申请仲裁（如果协议中有仲裁条款的话）。在诉讼或仲裁过程中，您需要提供充分的证据证明协议的有效性及自己的履约情况，以争取法院或仲裁机构的支持。

3. 证据收集与保存

   • 协议原件：务必保存好与项目经理签署的协议原件，这是证明协议存在及内容的关键证据。
   • 履约证据：同时，收集并保存好与工程施工相关的所有履约证据，如施工记录、验收报告、付款凭证等。这些证据将有助于证明您已经按照协议约定完成了工程施工任务。
   • 沟通记录：如果与公司进行过协商沟通，也请保存好相关的沟通记录，如邮件、短信、微信聊天记录等。这些记录可能有助于证明您已经积极尝试解决争议，并为公司的不认可行为提供了证据。

4. 法律风险与防范

   • 未来合作建议：在未来的合作中，建议在与公司或项目经理签署协议时，明确约定双方的权利义务及违约责任，并尽量要求公司加盖公章或法定代表人签字确认，以降低法律风险。
   • 及时咨询法律意见：在签署协议前或遇到法律问题时，及时咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保障。

进一步行动建议：鉴于您目前的情况，我建议您首先与公司进行协商沟通，尝试通过友好方式解决争议。如果协商无果，您可以考虑收集相关证据并咨询专业律师（当然，这里就是直接向我咨询啦），以便通过法律途径维护自己的权益。在处理此类问题时，务必保持冷静和理性，避免采取过激行为导致问题复杂化。