针对您提出的问题“项目部做了结算单，总公司不认可怎么办”，这确实是一个涉及工程结算纠纷的常见问题。以下是我为您提供的详细解答和建议：
一、明确问题本质与双方立场
首先，需要明确结算单不被总公司认可的具体原因。这可能是由于双方对工程量、单价、扣款项等存在分歧，或者是对合同条款理解不一致所导致的。了解问题的本质有助于双方更有针对性地进行沟通协商。
二、沟通与协商
面对面沟通：建议项目部与总公司相关部门或负责人进行面对面的沟通，详细阐述结算单的编制依据、计算过程及结果，并听取总公司的意见和反馈。
书面沟通：如果面对面沟通无法达成一致，可以通过书面形式（如邮件、函件等）详细列出双方的争议点，并附上相关证据和资料，以便双方进一步研究和讨论。
三、寻求专业意见
如果双方争议较大，可以考虑聘请第三方专业机构（如造价咨询公司、会计师事务所等）对结算单进行审核和评估。这些机构具有专业性和公正性，能够提供更为客观的意见和建议。
四、法律途径
如果经过多次沟通和协商仍然无法达成一致，可以考虑通过法律途径解决纠纷。具体方式包括：
调解：可以向当地建设行政主管部门或行业协会申请调解，由专业调解人员协助双方解决争议。
仲裁：如果合同中约定了仲裁条款，或者双方同意通过仲裁方式解决争议，可以向约定的仲裁机构申请仲裁。
诉讼：如果调解和仲裁均无法解决问题，可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，法院将根据双方提供的证据和法律规定进行裁决。
五、注意事项
保留证据：在整个过程中，双方都应妥善保留相关证据和资料，以便在需要时提供证明。
遵守合同：双方应严格遵守合同条款，不得擅自变更或解除合同。如果合同确实存在不明确或不合理之处，应及时通过协商或法律途径进行解决。
维护关系：尽管存在争议，但双方仍应努力维护良好的合作关系，以便在未来能够继续合作或解决其他问题。
综上所述，当项目部做的结算单不被总公司认可时，双方应通过沟通、协商、寻求专业意见和法律途径等方式积极解决争议。同时，也要注意保留证据、遵守合同和维护关系等方面的问题。希望这些建议能够对您有所帮助。