核心结论：针对工程款已付完但乙方多开发票的情况，需分情况处理，一是若多开发票未造成实际损失且符合税务规定，可协商沟通处理；二是若存在虚开发票等违规行为，则可能面临税务风险和法律责任。以下是详细分析：

1. 若多开发票未造成实际损失且符合税务规定
   • 沟通协商：首先，建议与乙方进行友好沟通，说明多开发票的情况，了解乙方多开发票的原因。如果是因为工作疏忽或者双方沟通不畅导致的，可以协商由乙方重新开具正确金额的发票，或者乙方出具相关说明，明确多开发票的事实以及双方对于该情况的处理方式，比如将多开的发票作废或者冲红处理。
   • 税务合规性：从税务角度来看，如果多开的发票没有导致国家税款的流失，且符合税务机关的相关规定，那么这种处理方式相对较为简单。例如，如果是因为乙方在开具发票时计算错误，多开了部分金额，但双方在实际结算时并没有按照发票金额支付，那么只要能够提供相关的结算凭证和沟通记录，证明实际交易金额与发票金额不符，一般不会被认定为虚开发票等违法行为。
2. 若存在虚开发票等违规行为
   • 税务风险：如果乙方多开发票的行为被认定为虚开发票，那么将面临严重的税务风险。根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条规定，开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（三）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。虚开发票的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
   • 法律责任：除了税务处罚外，如果虚开发票的行为情节严重，还可能构成犯罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条规定，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。即使不是虚开增值税专用发票或者用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，虚开普通发票情节严重的，也可能构成虚开发票罪，处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节特别严重的，处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
   • 应对措施：如果发现乙方存在虚开发票的行为，甲方应当及时向税务机关举报，并配合税务机关的调查工作。同时，甲方自身也要审查自身的财务和税务处理情况，确保没有因为乙方虚开发票而受到牵连。如果已经因为乙方虚开发票而遭受了损失，比如被税务机关要求补缴税款、罚款等，甲方可以向乙方追偿。

在处理多开发票的问题时，建议保留好相关的证据，如合同、付款凭证、沟通记录等，以便在需要时证明自己的权益。如果你还有其他关于工程款结算、发票开具等方面的法律问题，欢迎随时向我咨询。