结论：固定单价合同全费用投标单价中含疫情防控费能否扣除，需根据合同具体条款、疫情防控费性质及双方约定综合判断，以下分情况说明：

1. 合同明确约定疫情防控费处理方式

   • 若合同中明确约定了疫情防控费作为固定单价的一部分，且未约定在特定条件下可扣除，则该费用通常应视为已包含在合同总价中，不可随意扣除。例如，合同中写明“全费用投标单价包含因疫情防控产生的额外费用，且该费用不因实际发生情况调整”，则发包方无权单方面扣除。
   • 若合同约定了疫情防控费在特定条件下的扣除机制（如未实际发生或发生金额低于投标报价时），则可按约定扣除。例如，合同约定“若疫情防控措施未实施，则相应费用从合同总价中扣除”，此时若实际未实施，发包方有权扣除。

2. 合同未明确约定疫情防控费处理方式

   • 若合同未明确约定疫情防控费是否可扣除，需结合《民法典》合同编关于“情势变更”或“不可抗力”的规定分析。若疫情防控措施构成不可抗力（如政府强制停工），且导致合同履行成本显著增加，双方可协商调整合同价款。但若疫情防控费已合理计入投标单价，且未超出正常风险范围，通常不可单方面扣除。
   • 若疫情防控费属于承包方为履行合同而额外支出的合理费用（如购买防疫物资、增加人员防护措施等），且未通过其他方式得到补偿（如政府补贴），则发包方无权扣除。此时，承包方可主张该费用已构成合同履行成本的一部分，应由发包方承担。

3. 疫情防控费性质与合同目的关联性

   • 若疫情防控费与合同目的直接相关（如建设工程项目中为保障工人安全而采取的防疫措施），且该费用是履行合同所必需的，则不应扣除。例如，在医疗设施建设项目中，疫情防控费是确保项目按时、按质完成的关键支出，扣除该费用可能影响合同目的实现。
   • 若疫情防控费与合同目的无直接关联（如承包方自行决定的高标准防疫措施），且未得到发包方认可，则发包方可能主张扣除。但此情况下，承包方需承担举证责任，证明该费用是合理且必要的。

法律建议：

• 发包方：在签订合同时，应明确约定疫情防控费的处理方式（如是否可扣除、扣除条件等），避免后续争议。若合同未约定，应谨慎扣除该费用，并与承包方协商解决。
• 承包方：在投标时，应合理评估疫情防控费对投标单价的影响，并在合同中明确约定该费用的性质及处理方式。若发包方主张扣除，承包方可依据合同约定或法律规定主张权利。

可能法律后果：

• 若发包方无正当理由扣除疫情防控费，可能构成违约，需承担赔偿损失等违约责任。
• 若承包方主张的疫情防控费不合理或未得到发包方认可，可能面临被驳回的风险，甚至需承担举证不能的不利后果。

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