结论：农民集资修建自来水设施后，政府将自来水卖给个人并收取水费是否合法，需根据具体情况判断，包括集资协议内容、政府行为是否符合相关法律法规及政策规定等。以下从不同角度进行分析：

一、集资协议与政府行为的关系

1. 若集资协议中有明确约定：

   • 如果农民在集资修建自来水设施时，与政府或相关部门签订了明确的协议，约定了自来水的供应、管理、收费等事项，那么政府的行为应当遵循这些约定。
   • 若协议中明确规定了政府可以收取水费，且收费标准、方式等均符合法律法规和政策规定，那么政府的行为是合法的。

2. 若集资协议中无明确约定或约定不明确：

   • 在没有明确约定或约定不明确的情况下，政府的行为需要依据相关法律法规和政策规定来判断。
   • 政府作为公共服务的提供者，有权对自来水等公共资源进行管理和收费，但必须确保收费行为合法、合理、透明，并符合相关法律法规和政策规定。

二、政府行为的合法性依据

1. 法律法规依据：

   • 政府收取水费的行为应当符合《中华人民共和国水法》、《城市供水条例》等相关法律法规的规定。
   • 这些法律法规通常规定了自来水的供应、管理、收费等方面的基本原则和制度，政府的行为必须遵循这些原则和制度。

2. 政策依据：

   • 政府收取水费的行为还可能受到地方政策的影响。不同地区可能根据当地实际情况制定了不同的自来水收费政策。
   • 政府在制定和执行这些政策时，必须确保政策的合法性和合理性，并充分考虑农民的利益和承受能力。

三、可能存在的法律问题及后果

1. 若政府行为违法：

   • 如果政府在没有法律依据或政策依据的情况下擅自收取水费，或者收费标准过高、方式不合理等，可能构成违法行为。
   • 农民有权向相关部门投诉或提起行政诉讼，要求政府纠正违法行为并赔偿损失。

2. 若集资协议存在纠纷：

   • 如果农民与政府或相关部门在集资协议上存在纠纷，如协议内容不明确、履行过程中产生争议等，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。
   • 在解决纠纷时，应当充分考虑双方的权益和实际情况，寻求公平合理的解决方案。

四、建议与措施

1. 审查集资协议：

   • 农民应当仔细审查集资协议的内容，确保协议中明确约定了自来水的供应、管理、收费等事项。
   • 如果协议中存在不明确或不合理的地方，应当及时与政府或相关部门进行沟通协商，寻求修改或补充协议。

2. 了解法律法规和政策：

   • 农民应当了解相关法律法规和政策规定，确保自己的权益得到保障。
   • 如果对政府的行为存在疑问或不满，可以向相关部门咨询或投诉，寻求法律援助或支持。

3. 寻求专业法律帮助：

   • 如果农民在集资修建自来水设施或政府收费过程中遇到复杂的法律问题或纠纷，可以寻求专业律师的帮助。
   • 律师可以根据具体情况提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助农民维护自己的合法权益。

最后，农民集资修建自来水设施后，政府将自来水卖给个人并收取水费是否合法，需根据具体情况判断。农民应当了解相关法律法规和政策规定，审查集资协议内容，并在必要时寻求专业法律帮助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。