关于农村自来水改造收费是否合法的问题，这主要取决于具体的收费依据和当地的政策规定。以下我将结合相关法律法规和政策，为您进行详细解答。

首先，我们需要明确的是，水资源属于国家所有，国家对水资源依法实行有偿使用制度。这是根据《中华人民共和国水法（2016年修正）》第三条明确规定的。因此，从法律层面来讲，对水资源的使用进行收费是合法的。

其次，针对农村自来水改造收费的具体情况，我们需要参考当地的政策规定。以《昌平区农村自备井供水水费管理办法》为例，该办法明确规定了农村自备井供水工程需要收取水费，并且收费标准是依据相关法律法规，按照补偿成本、公平负担的原则确定的。这表明，在昌平区，农村自来水改造收费是有明确的政策依据的，并且收费标准也是合理的。

再者，关于水费的去向和使用，该办法也做出了明确规定。水费收取后，会按照“村收、村管、村用、镇街监督”的原则，专款专用，用于供水设施的电费、维护、维修、水质检测等供水设施运行管理事项。这确保了水费的合理使用和透明管理，也进一步证明了收费的合法性和合理性。

此外，对于污水处理费的征收，也是根据相关法律法规进行的。根据财政部关于印发《污水处理费征收使用管理办法》的通知，向城镇排水与污水处理设施排放污水、废水的单位和个人，应当缴纳污水处理费。这是为了保障污水处理设施的运行维护和建设，确保污水得到有效处理，保护环境。

综上所述，农村自来水改造收费在法律和政策层面都是合法的。当然，具体的收费标准和使用情况可能会因地区而异，因此建议您在了解当地具体政策规定的基础上，再做出判断。如果您对当地的政策规定有疑问或需要进一步的了解，可以咨询当地的水务部门或相关政府机构。