关于农村自来水公司更换水表是否收费合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况和相关政策法规来综合判断。

首先，我们要明确的是，农村自来水公司的运营和管理通常受到当地政府和相关部门的监管。水表的更换，如果是由于水表老化、损坏或者技术升级等原因，且这一更换行为是自来水公司为了保障供水质量和计量准确性而进行的必要措施，那么通常情况下，自来水公司可能会根据相关规定向用户收取一定的费用。

然而，这个费用是否合法，关键在于它是否符合当地的价格政策、是否经过相关部门的批准，以及是否在更换前向用户进行了充分的告知和解释。如果自来水公司在更换水表前，已经向用户明确告知了更换的原因、费用以及相关的政策依据，并且这个费用是合理且经过批准的，那么这样的收费就是合法的。

另外，我们还需要注意到，有些地区可能对于农村自来水设施的改造和升级有特定的政策支持或补贴。在这种情况下，自来水公司更换水表的费用可能会由政府承担一部分或全部，从而减轻用户的负担。

以您提供的参考信息为例，定襄县水利局的回复中明确指出，400元费用是指从户外水表井至村民院内水窖或室内通水管的施工费用，且这个费用是村民可选择的项目，不属于强制性收费。这说明在这个案例中，收费是合法的，因为它符合了自愿选择的原则，并且费用项目也明确清晰。

而利辛县的案例则涉及到了水费收费政策和报停问题。虽然这个案例没有直接涉及到水表更换的费用，但它提醒我们，在判断自来水公司收费是否合法时，还需要考虑当地的收费政策、用户权益保护以及政府监管等因素。

综上所述，农村自来水公司更换水表是否收费合法，需要根据具体情况和相关政策法规来判断。如果您对自来水公司的收费行为有疑问或不满，建议您先向当地的水利部门或相关监管机构进行咨询和投诉，以维护自己的合法权益。同时，也希望自来水公司能够加强与用户的沟通，提高透明度，确保收费行为的合法性和合理性。