结论前置：约定“向甲方所在地仲裁机构申请仲裁”是否明确了仲裁机构，需结合具体情况判断，关键在于能否清晰确定甲方所在地以及该所在地是否有明确、唯一的仲裁机构。若能满足这些条件，则通常认为仲裁协议有效且明确；反之，则可能导致仲裁协议无效或不明确。以下从不同角度进行分析：
一、仲裁协议的有效性基础
根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，有效的仲裁协议必须包含请求仲裁的意思表示、明确的仲裁事项以及选定的仲裁委员会。这是仲裁协议有效性的三大基石，缺一不可。在您所描述的约定中，已经包含了请求仲裁的意思表示（即“申请仲裁”）和仲裁事项（虽未具体说明，但通常可理解为与合同相关的争议），关键在于是否选定了明确的仲裁委员会。
二、约定甲方所在地仲裁的明确性要求
明确甲方的指向：
- 在合同中，必须能够清晰确定“甲方”具体指的是哪一方当事人。这通常通过合同中的定义条款或上下文来明确。如果甲方指向不明，那么“甲方所在地”也将无法确定，进而影响仲裁机构的明确性。
确定具体的仲裁委员会：
- 约定“甲方所在地仲裁”时，该所在地应有明确且唯一的仲裁机构。如果甲方所在地有多个仲裁机构，且无法从合同或其他文件中确定具体选择哪一个，那么这种约定可能被视为不明确。例如，如果甲方所在地是一个大城市，该城市设有多个仲裁委员会，且合同中没有进一步明确选择哪一个，那么这种约定就可能存在问题。
结合实际情况判断：
- 在实践中，法院或仲裁机构会结合当事人陈述、合同签订和履行情况等因素，综合判断“甲方所在地”所指向的仲裁委员会是否明确。例如，如果合同中明确约定了甲方的注册地址或主要营业地，且该地址所在地有且仅有一个仲裁机构，那么通常可以认为仲裁协议是明确的。
三、特殊情况的处理原则
甲方所在地没有设立仲裁委员会的情况：
- 如果合同约定的甲方所在地没有设立仲裁委员会，应根据有利于认定仲裁协议有效的原则进行解释。例如，可以认定为甲方所在地的上一级市设立的仲裁委员会，或者所在省有且仅有一个仲裁委员会的，亦可以认定为该省仲裁委员会。但这种解释需要有一定的合理性和依据，不能随意扩大解释范围。
甲方所在地存在多家仲裁委员会的情况：
- 当甲方所在地有多家仲裁委员会时，若当事人不能就选择其中一家达成一致意见，这种约定通常会被视为不明确，进而导致仲裁协议无效。因此，在起草仲裁协议时，应尽量避免此类模糊表述，尽量明确约定具体的仲裁委员会名称。
四、实际应用中的建议
- 明确约定仲裁委员会名称：在起草仲裁协议时，应尽量明确约定具体的仲裁委员会名称，如“中国国际经济贸易仲裁委员会”或“北京仲裁委员会”等，以避免后续因约定不明确而产生的纠纷。
- 谨慎使用“一方所在地仲裁”的表述：如果确实需要采用“甲方所在地仲裁”的表述方式，应确保能够清晰确定甲方的指向，并且该所在地有明确、唯一的仲裁机构。同时，可以在合同中进一步明确仲裁机构的名称或选择方式，以增加仲裁协议的明确性和可执行性。
- 充分沟通并确认仲裁协议条款：在签订合同时，双方应充分沟通并确认仲裁协议的条款内容，包括仲裁机构的名称、仲裁事项的范围、仲裁规则的选择等，以确保其有效性和可执行性。
综上所述，约定“向甲方所在地仲裁机构申请仲裁”是否明确了仲裁机构，需结合具体情况判断。在起草和审查仲裁协议时，应谨慎对待每一个细节，以确保仲裁协议的有效性和可执行性。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。