结论：针对您租用了几年的商铺是违章建筑，是否可以起诉房东退还几年房租的问题，这需要根据具体情况来判断，但一般来说，您有权要求房东退还部分或全部房租，并可能要求赔偿损失，不过具体能否实现以及退还的金额，需结合实际情况和法律规定来确定。以下是从不同角度的详细分析：
一、法律角度
违章建筑的认定与效力：
- 违章建筑是指未经规划、建设等部门批准，擅自搭建的建筑物。根据相关法律法规，违章建筑不受法律保护，无法取得合法的产权证明。
- 您与房东签订的租赁合同，如果涉及违章建筑，该合同可能因违反法律强制性规定而被认定为无效或部分无效。
合同无效或部分无效的法律后果：
- 根据《民法典》的相关规定，合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
- 在您的情况下，如果租赁合同因涉及违章建筑而被认定为无效或部分无效，您有权要求房东退还已支付的房租，并可能要求房东赔偿您因租赁违章建筑而遭受的损失（如装修费用、搬迁费用等）。
二、实际情况角度
房东的过错程度：
- 如果房东在出租时明知是违章建筑而故意隐瞒，或者未尽到告知义务，导致您在不知情的情况下签订了租赁合同，房东应承担较大的过错责任。
- 如果房东在出租时也不知情，或者已经尽到了合理的告知义务，但您仍然选择租赁，那么房东的过错责任可能相对较小。
您的实际损失：
- 您需要证明自己因租赁违章建筑而遭受了实际损失，如装修费用、搬迁费用、因无法正常使用商铺而导致的经营损失等。
- 这些损失需要是合理且必要的，且能够提供相应的证据来支持。
三、操作建议
收集证据：
- 收集与租赁合同相关的所有证据，包括合同文本、支付房租的凭证、装修费用的发票、搬迁费用的收据等。
- 如果可能的话，还可以收集房东明知是违章建筑而出租的证据，如房东的陈述、相关部门的处罚决定等。
与房东协商：
- 在起诉之前，您可以先尝试与房东进行协商，看是否能够达成和解协议，退还部分或全部房租，并赔偿您的损失。
寻求法律途径：
- 如果协商无果，您可以向法院提起诉讼，要求房东退还房租并赔偿损失。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来支持自己的主张。
最后，需要提醒的是，每个案件的具体情况都有所不同，法律适用也可能因地区、时间等因素而有所差异。因此，在处理此类问题时，建议您直接向我咨询，以便根据您的具体情况提供更准确的法律建议。