结论：员工申请劳动仲裁，并不影响公司对员工可能涉及的刑事犯罪行为进行立案追究。但需明确，劳动仲裁与刑事立案是两个独立的法律程序，分别由不同的法律规范调整，且二者之间不存在直接的因果关系或相互排斥的关系。以下从多个角度进行详细分析：
劳动仲裁的性质与目的
- 劳动仲裁是解决劳动争议的一种方式，主要处理因劳动合同、工资、福利、工作时间、休息休假、社会保险等劳动权益相关的争议。其目的是通过第三方调解或裁决，快速、公正地解决劳动纠纷，维护劳动关系的和谐稳定。
- 员工申请劳动仲裁，是其依法行使劳动权益救济权利的表现，不涉及刑事犯罪的认定或追究。
刑事立案的条件与程序
- 刑事立案是指公安机关、人民检察院或人民法院对涉嫌犯罪的行为，依法进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任时，决定作为刑事案件进行侦查或审判的活动。
- 刑事立案的条件包括：有犯罪事实发生、需要追究刑事责任、符合管辖规定等。其程序严格，需经过初步审查、立案决定、侦查、起诉、审判等多个环节。
劳动仲裁与刑事立案的关系
- 独立性：劳动仲裁与刑事立案是两个独立的法律程序，分别由劳动法律法规和刑事法律法规调整。员工申请劳动仲裁，并不影响公司或公安机关对员工可能涉及的刑事犯罪行为进行立案追究。
- 无因果关系：员工申请劳动仲裁的行为本身，并不构成刑事犯罪，也不会因此引发刑事立案。同样，公司对员工进行刑事立案，也不以员工是否申请劳动仲裁为前提或条件。
- 相互影响的可能性：虽然劳动仲裁与刑事立案在程序上独立，但在某些情况下，劳动仲裁过程中发现的线索或证据，可能成为刑事立案的依据。例如，在劳动仲裁过程中，发现员工存在职务侵占、挪用资金等犯罪行为，公司可以向公安机关报案，由公安机关依法进行立案侦查。
公司应对策略与建议
- 区分性质：公司应明确区分劳动争议与刑事犯罪的界限，对于劳动争议，应通过劳动仲裁等合法途径解决；对于涉嫌刑事犯罪的行为，应及时向公安机关报案，由公安机关依法处理。
- 保留证据：在处理劳动争议或涉嫌刑事犯罪的过程中，公司应妥善保留相关证据，如劳动合同、工资单、考勤记录、监控录像等，以便在需要时提供证明。
- 合法合规：公司在处理与员工的关系时，应严格遵守法律法规，不得采取非法手段进行报复或威胁，以免引发不必要的法律纠纷。
总结：员工申请劳动仲裁，并不影响公司对员工可能涉及的刑事犯罪行为进行立案追究。公司应明确区分劳动争议与刑事犯罪的界限，依法处理与员工的关系，并在必要时保留相关证据，以便在需要时提供证明。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。