您好，关于您提出的“公积金入职半年后缴纳是否合法”的问题，我可以明确地告诉您，这种做法是不合法的。

根据《住房公积金管理条例》的相关规定，单位在录用职工后，应当自录用之日起30日内向住房公积金管理中心办理缴存登记，并办理职工住房公积金账户的设立或者转移手续。对于新参加工作的职工，他们应从参加工作的第二个月开始缴存住房公积金，月缴存额为职工本人当月工资乘以职工住房公积金缴存比例。

这意味着，一旦您入职新公司，公司就有义务在30天内为您办理住房公积金的缴存登记，并从您参加工作的第二个月开始为您缴存公积金。公司内部规定新入职员工一年后才予缴纳公积金，并补交上一年度公司所应缴纳部分，这种做法显然违反了《住房公积金管理条例》的规定。

如果您遇到这种情况，我建议您首先与公司的人力资源部门进行沟通，明确表达您的诉求和依据的法律法规。如果公司仍然坚持其不合理的规定，您可以向所在地的住房公积金管理部反映情况，寻求他们的帮助和支持。他们将会对公司的行为进行调查，并依法进行处理。

希望以上解答能够对您有所帮助，如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。