若您已提供医院出具的合法休假证明，单位仍认定您为旷工，该认定通常不合法，您有权通过合法途径维护自身权益。以下从不同角度为您详细分析：

从单位规章制度合法性角度

1. 若单位规章制度违反法律规定：根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。如果单位规章制度中关于认定旷工的规定，与法律法规相抵触，比如未考虑劳动者提供合法休假证明的情况，直接将劳动者请假未获批就认定为旷工，那么该规章制度是无效的。在这种情况下，您提供医院休假证明，单位不应认定您旷工。
2. 若单位规章制度合法且合理：如果单位的规章制度是经过合法程序制定，且内容合理，明确规定了请假的流程和需要提供的材料等，而您没有按照规定流程请假，或者提供的休假证明不符合单位要求（例如医院资质不符合规定、休假证明内容不完整等），单位有可能根据规章制度认定您旷工。但即便如此，单位也应先给予您合理的解释和改正机会，而不是直接认定旷工并采取相应处罚措施。

从证据角度

1. 您需确保休假证明合法有效：医院出具的休假证明应当是正规医疗机构开具的，包含您的姓名、病情、休假起止时间等必要信息，并加盖医院公章。如果休假证明存在瑕疵，比如信息不完整、没有盖章等，单位可能会质疑其真实性，从而认定您旷工。所以，您要保证休假证明的合法性和完整性。
2. 单位需提供认定旷工的证据：如果单位认定您旷工，根据“谁主张，谁举证”的原则，单位需要提供证据证明您没有按照规定履行请假手续或者没有合理的休假理由。如果单位无法提供充分证据，其认定您旷工的行为就缺乏依据。

应对措施

1. 与单位协商沟通：首先，您可以与单位的人力资源部门或者上级领导进行沟通，说明您提供休假证明的情况，解释您未能正常出勤的原因，争取单位的理解和认可，撤销旷工认定。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的劳动用工行为进行监督检查，对于单位违法认定旷工的行为，会责令单位改正。
3. 申请劳动仲裁：您还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求单位撤销旷工认定，并赔偿因旷工认定给您造成的损失，如工资扣减、绩效降低等。在申请仲裁时，您需要提供医院休假证明、与单位沟通的记录等相关证据。

如果您在处理此类问题时遇到困难，或者还有其他疑问，欢迎随时向我咨询。