结论：关于学生来单位实习，签了协议但不好好干能否开除的问题，这主要取决于实习协议中的具体约定以及相关法律法规的规定。一般情况下，如果实习协议中有明确约定且符合法律规定，单位是可以依据协议开除实习生的。以下从不同角度进行详细分析：
一、实习协议的约定
实习协议是实习生与单位之间就实习期间双方的权利和义务所达成的书面协议。如果实习协议中明确规定了实习生的工作职责、工作纪律以及违反纪律的处理方式，且实习生确实存在违反协议约定的行为，那么单位有权依据协议约定对实习生进行处理，包括开除。
例如，实习协议中可能约定：“实习生应遵守单位的规章制度，认真完成工作任务。如实习生违反单位规章制度或未认真完成工作任务，单位有权解除实习协议。”在此情况下，如果实习生确实存在违反规章制度或未认真完成工作任务的行为，单位就可以依据协议约定开除实习生。
二、相关法律法规的规定
虽然实习生与单位之间并非典型的劳动关系，但实习活动仍应受到相关法律法规的约束。在处理实习生开除问题时，单位应确保自己的行为不违反法律法规的强制性规定。
《劳动法》及相关规定：虽然实习生不适用《劳动法》中关于劳动合同的全部规定，但单位在处理实习生问题时仍应遵循公平、公正、合理的原则，不得侵犯实习生的合法权益。
《民法典》合同编：实习协议作为一种民事合同，其签订、履行、变更和解除均应遵循《民法典》合同编的相关规定。如果实习协议中的约定违反了法律法规的强制性规定或公序良俗，那么该约定可能被认定为无效。
三、实际操作建议
完善实习协议：单位在签订实习协议时，应明确约定实习生的工作职责、工作纪律、考核标准以及违反纪律的处理方式等条款，以便在出现问题时有据可依。
依法依规处理：在处理实习生开除问题时，单位应确保自己的行为符合法律法规的规定和实习协议的约定。如果实习生确实存在违反协议约定的行为，单位应先进行警告、教育等处理措施；如果实习生仍不改正，单位再考虑开除等更严厉的处理措施。
保留证据：单位在处理实习生问题时，应保留好相关证据，如实习生的工作记录、考核结果、警告通知等，以便在需要时证明自己的处理行为是合法合理的。
最后，如果单位在处理实习生开除问题时遇到法律难题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。我作为专业律师，将为您提供全面、准确的法律解答和帮助。