结论：出租厂房时，土地和房屋分别签订合同，土地租赁合同本身并不直接涉及房产税的缴纳问题，但房屋租赁合同部分需要缴纳房产税。

详细分析：

1. 土地租赁与房产税的关系：

   • 土地租赁合同主要涉及的是土地使用权的出租，其租金收入通常不直接与房产税相关联。房产税主要是针对房屋这一不动产的出租或自用而征收的税种。
   • 根据《中华人民共和国房产税暂行条例》的规定，房产税由产权所有人缴纳，且主要针对的是房屋本身，而非土地。因此，单纯的土地租赁合同，不涉及房屋的出租，通常不需要缴纳房产税。

2. 房屋租赁与房产税的关系：

   • 当厂房中的房屋部分被出租时，根据房产税的相关规定，出租方（即房屋产权所有人或其授权的出租人）需要就房屋出租部分缴纳房产税。
   • 房产税的计税依据通常为房屋的租金收入或房屋的余值（即房屋原值减去一定比例的折旧后的价值）。在房屋出租的情况下，一般按照租金收入作为计税依据。

3. 分别签订合同的影响：

   • 即使土地和房屋分别签订租赁合同，这并不影响房产税的缴纳义务。房屋租赁合同的存在，就意味着有房屋出租的行为，从而产生了缴纳房产税的义务。
   • 税务部门在征税时，会关注实际的房屋出租行为，而非仅仅依据合同的签订方式。因此，无论土地和房屋是否分别签订合同，只要房屋被出租，就需要缴纳房产税。

法律建议：

• 在出租厂房时，如果土地和房屋分别签订合同，应明确各自的权利和义务，特别是关于房产税的缴纳问题。虽然土地租赁合同本身不涉及房产税，但房屋租赁合同部分需要确保按时足额缴纳房产税，以避免税务风险。
• 如果对房产税的缴纳有疑问或不确定如何操作，建议咨询当地税务部门或专业税务顾问，以确保合规操作并降低税务风险。

可能后果：

• 如果未按时足额缴纳房产税，可能会面临税务部门的处罚，包括但不限于罚款、滞纳金等。此外，还可能影响企业的信用记录和声誉。

如有其他关于房产租赁或合同纠纷的法律问题，可以直接向我咨询。