针对您提出的“厂房出租协议是否含税以及是否合法”的问题，我将从以下两个方面进行详细解答：
一、厂房出租协议是否含税
厂房出租协议本身并不直接决定是否含税，而是需要根据协议的具体内容和当地税收政策来确定。通常情况下，厂房租赁涉及的税费包括房产税、增值税及附加税、印花税、企业所得税/个人所得税以及城镇土地使用税等。这些税费的缴纳义务和具体税率均依据当地税务部门的规定执行。
在签订厂房出租协议时，双方可以明确约定税费的承担方式，例如由出租方承担、由承租方承担或双方共同承担。但无论协议如何约定，都必须遵守当地税收政策，确保合法纳税。
二、厂房出租协议的合法性
厂房出租协议的合法性主要取决于其内容是否符合法律法规的规定。一份合法的厂房出租协议应当具备以下要素：
双方信息明确：协议中应明确出租方和承租方的身份、联系方式等基本信息，确保双方身份真实可溯。
厂房描述准确：详细描述租赁厂房的具体位置、建筑面积、结构类型、用途限制等，确保承租方对厂房有清晰的了解。
租赁条款清晰：包括租赁期限、租金及支付方式、押金数额及退还条件等，确保双方权利义务明确。
使用规定合理：对承租方的经营范围、装修改造、安全生产、环境保护等方面进行约定，确保承租方合规使用厂房。
违约责任明确：约定违反合同条款时的责任承担方式，包括违约金、提前解约条件等，增强合同的约束力。
争议解决方式：选择争议解决的方式，如协商、调解、仲裁或诉讼，并指定适用法律及管辖法院，以便高效解决合同纠纷。
只要厂房出租协议具备上述要素，并且内容不违反法律法规的强制性规定，即可认为该协议是合法的。
综上所述，厂房出租协议是否含税需要根据具体内容和当地税收政策来确定，而协议的合法性则取决于其内容是否符合法律法规的规定。在签订协议时，建议双方咨询当地税务部门或专业税务顾问，确保合法纳税，并仔细审查协议内容，确保双方权益得到妥善保护。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。