结论：医院科室不安排在编人员当负责人而安排合同工担任，这一做法的合理性需结合具体情况来判断，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：

1. 法律法规层面：

   • 在编人员与合同工在法律地位上并无本质差异，均享有平等的就业权利和职业发展机会。然而，具体到科室负责人的任命，可能受到医院内部规章制度、岗位设置及人员编制等因素的影响。
   • 若医院内部规章制度或相关政策明确规定了科室负责人的选拔条件，且这些条件并未排除合同工，那么安排合同工担任科室负责人是合法的。反之，若规章制度或政策存在歧视性条款，限制了合同工的晋升机会，则可能涉及违法问题。

2. 医院管理层面：

   • 医院作为用人单位，有权根据工作需要和人员能力来安排岗位。如果合同工在专业技能、管理能力、工作经验等方面表现突出，且符合科室负责人的岗位要求，那么医院选择其担任负责人是合理的。
   • 同时，医院也应考虑在编人员的合理诉求和职业发展，避免因为岗位安排不当而引发内部矛盾或人才流失。

3. 合同约定层面：

   • 如果合同工与医院签订的劳动合同中明确约定了其岗位、职责和晋升机会等条款，且医院违反了这些约定，那么合同工有权依据合同条款要求医院承担违约责任。
   • 反之，如果劳动合同中并未对岗位晋升等作出明确约定，或者合同工在签订合同时已接受医院可能的岗位安排，那么医院在安排岗位时则具有更大的自主权。

4. 实际操作建议：

   • 对于医院而言，应建立公平、透明的岗位选拔机制，确保所有员工都能在平等的条件下竞争岗位。同时，加强内部沟通，及时了解员工的职业诉求和发展意愿，避免因岗位安排不当而引发不必要的纠纷。
   • 对于在编人员和合同工而言，如果认为医院的岗位安排存在不合理之处，可以通过内部申诉、协商等方式寻求解决。若无法达成一致意见，也可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。

进一步思考：在探讨医院科室负责人任命问题时，我们还应关注到医疗行业的特殊性和复杂性。医院作为提供医疗服务的重要机构，其管理层的选拔和任命不仅关系到员工的个人发展，更直接影响到医疗服务的质量和效率。因此，在做出岗位安排决策时，医院应充分考虑各种因素，确保选拔出最适合的人才担任科室负责人。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。