员工违反公司制度，公司并非在所有情况下都可以直接扣工资。是否可以扣工资以及如何扣，需要依据具体情况和相关法律法规来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、可以扣工资的情况及限制
员工过错造成损失：
- 如果员工因个人工作失误或故意行为给公司造成了经济损失，且劳动合同中有明确约定可以从工资中扣除赔偿，那么公司可以在一定范围内扣除员工的工资作为赔偿。
- 扣除限制：根据《工资支付暂行规定》第十六条，每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
代扣代缴情况：
- 用人单位可以依法代扣代缴应由员工负担的各项社会保险费用、个人所得税及其他应扣除的费用。
- 法院裁判要求代扣的抚养费、赡养费等也可以从工资中扣除。
绩效考核不达标（需合法合规）：
- 如果公司的绩效考核制度经过民主程序制定并公示，且员工知晓并同意该制度，那么在员工绩效考核不达标的情况下，公司可以根据制度规定扣除相应的绩效工资。
- 注意：这种扣除必须基于公平、公正的原则，且不能违反相关法律法规的规定。
二、不可以扣工资的情况
无合法依据的罚款：
- 公司不得以任何名义对员工进行罚款，除非有明确的法律依据或劳动合同中的特别约定。
非经济损失的惩罚性扣除：
- 对于员工迟到、早退等违反公司规章制度的行为，如果未造成实际经济损失，公司通常无权直接从工资中扣除款项作为惩罚。
超出法定限额的扣除：
- 即使员工因过错给公司造成了经济损失，公司扣除其工资时也必须遵守法律规定的限额和程序，不得超出法定范围。
三、法律建议与注意事项
完善规章制度：
- 公司应建立健全的规章制度，明确员工的行为规范和奖惩措施，并确保这些制度经过民主程序制定并公示，以便在发生争议时有据可依。
加强沟通与培训：
- 通过培训和沟通让员工了解公司的规章制度和绩效考核制度，增强员工的合规意识和责任感，减少因误解或不知情而引发的纠纷。
合法合规操作：
- 在处理员工违反公司制度的问题时，公司应确保所有操作都符合法律法规的要求，避免引发劳动纠纷。如果公司不确定如何操作，可以寻求专业法律意见。
举例说明：假设某员工因疏忽大意导致公司损失了5000元，且劳动合同中明确约定了可以从工资中扣除赔偿。该员工当月工资为8000元，那么公司最多可以扣除1600元（8000元的20%）作为赔偿，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。如果扣除后剩余工资低于最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
如果您有关于劳动工伤（工资福利）方面的具体问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。