在没有确凿证据的情况下，仅凭怀疑员工收回扣，一般不可以直接报案要求查其银行流水，但可以通过合法途径进行调查取证，再考虑是否报案。以下从几个角度详细分析：
一、报案与立案的条件
报案是公民向公安机关报告发生犯罪事实或犯罪嫌疑人的行为，但报案并不意味着公安机关会立即立案。立案需要满足一定的条件，即认为有犯罪事实需要追究刑事责任。在没有确凿证据的情况下，仅凭怀疑，公安机关可能不会立即立案，更不会直接去查员工的银行流水。
二、调查取证的合法途径
内部调查：
- 企业可以首先进行内部调查，收集与员工可能收回扣相关的线索和证据。这包括审查合同、交易记录、财务记录等，以及与相关员工、客户或供应商进行沟通。
- 内部调查应遵循合法、公正、透明的原则，避免侵犯员工的合法权益。
法律途径：
- 如果内部调查发现确实存在收回扣的嫌疑，且证据较为充分，企业可以考虑向公安机关报案，并提供相关证据。
- 在报案前，企业也可以咨询律师，了解报案的流程和所需证据，以确保报案的合法性和有效性。
申请法院调查令：
- 在民事诉讼中，如果企业认为员工收回扣的行为损害了其利益，且需要调查员工的银行流水等证据，可以向法院申请调查令。
- 法院在审查后，如果认为有必要，会签发调查令，允许企业或其律师前往银行等机构调查相关证据。
三、直接报案查流水的风险
- 侵犯隐私权：在没有合法依据的情况下，直接要求公安机关查员工的银行流水可能侵犯员工的隐私权。
- 证据不足导致报案无效：如果没有确凿的证据支持报案，公安机关可能不会立案，甚至可能对企业进行批评教育。
- 影响企业声誉：不恰当的报案行为可能引发不必要的舆论关注，对企业的声誉造成负面影响。
四、建议与措施
加强内部管理：
- 企业应建立健全的内部控制制度，加强对员工行为的监督和管理，防止类似收回扣等不正当行为的发生。
及时咨询律师：
- 如果企业怀疑员工存在收回扣等违法行为，应及时咨询专业律师，了解相关法律程序和证据要求，以便采取合法有效的措施。
合法取证：
- 在调查过程中，企业应确保取证的合法性，避免使用非法手段获取证据，以免证据被排除或导致其他法律后果。
作为姚柏明律师，我建议企业在处理此类问题时保持谨慎和合法性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。