关于开发商补充合同认定地下车库的合法性，这并非一个简单的是非问题，而是需要结合具体情况和法律规定来综合判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：

1. 合同内容合法性：

   • 首先，要查看补充合同中关于地下车库的条款是否违反了法律法规的强制性规定。例如，如果地下车库属于人防工程，那么根据相关法律规定，人防工程在平时由投资者使用管理，收益归投资者所有，但开发商不能通过合同形式将其所有权或使用权永久性地转让给购房者，除非符合特定条件并经过相关部门批准。
   • 如果补充合同中的条款违反了法律法规的强制性规定，那么这些条款将是无效的，整个合同或相关条款可能因此被认定为不合法。

2. 产权归属问题：

   • 地下车库的产权归属是判断补充合同合法性的关键。如果地下车库已经明确登记在开发商名下，且开发商有权进行处分（如出售、出租等），那么补充合同中关于地下车库的条款在产权归属上是合法的。
   • 但是，如果地下车库属于全体业主共有（如规划上属于小区配套设施，且未计入公摊面积但按照相关规定应归业主共有），那么开发商无权通过补充合同将其处分给特定购房者，这样的条款将是无效的。

3. 合同签订程序：

   • 补充合同的签订程序也是判断其合法性的重要因素。如果补充合同是在双方平等、自愿、协商一致的基础上签订的，且没有违反法律法规的强制性规定，那么它是合法的。
   • 如果补充合同的签订过程中存在欺诈、胁迫、显失公平等情形，或者开发商利用其优势地位强迫购房者接受不合理的条款，那么这样的补充合同可能是可撤销的或无效的。

4. 实际履行情况：

   • 即使补充合同在形式上看起来合法，但如果在实际履行过程中存在问题（如开发商未能按照合同约定交付地下车库、地下车库存在质量问题等），那么购房者也有权要求开发商承担违约责任或解除合同。

建议：

• 如果你对补充合同中关于地下车库的条款存在疑问或担忧，建议先仔细阅读合同条款，并咨询专业的法律人士进行解读。
• 如果发现补充合同存在违法或不合理之处，你可以与开发商进行协商，要求修改或撤销相关条款。
• 如果协商无果，你可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益，如向法院提起诉讼或申请仲裁。

最后，需要强调的是，每个案件的具体情况都是不同的，因此上述分析仅供参考。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律意见。