合同中约定增值税由支付方承担是有效的，但需满足一定条件并注意相关风险。以下是对此问题的详细分析：
一、合法性分析
意思自治原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动应遵循自愿原则。合同是双方当事人意思表示一致的产物，只要不违反法律法规的强制性规定、不损害国家利益、社会公共利益以及第三人合法权益，当事人可以自行约定合同的各项条款，包括增值税的承担方式。
税法与合同法的关系：
- 税法规定了纳税义务人的法定性，即销售货物或提供应税劳务的单位和个人为增值税的纳税义务人。然而，这并不禁止合同双方通过约定来改变税款的实际承担方式。只要合同约定不违反税法的具体规定，如不构成逃税或避税行为，该约定即具有法律效力。
二、实务操作要点
明确约定条款：
- 合同中应详细列明增值税的具体金额（或计算方式）、支付时间、支付方式等。例如，可以约定：“本合同价款为不含税价X元，买方需按照税法规定的税率X%另行向卖方支付增值税款，该款项应于具体日期前支付至卖方指定账户。”这样的约定有助于避免因约定不明而产生的纠纷。
发票开具与交付：
- 合同应明确规定卖方开具增值税发票的时间、发票类型（如专用发票或普通发票）及交付方式。例如，可以约定：“卖方应在收到买方支付的全部款项后X个工作日内，向买方开具并交付符合税法规定的增值税专用发票。”这有助于确保买方能够顺利进行进项税额抵扣，降低税务风险。
税务合规风险防控：
- 卖方作为法定的纳税义务人，需确保按时足额缴纳增值税。若买方未按约定支付税款，卖方可能面临税务机关的行政处罚。因此，合同中可以约定相应的违约责任和争议解决方式，以降低税务合规风险。例如，可以约定：“若买方未按约定支付增值税款，卖方有权要求买方支付逾期付款利息，并承担卖方因追缴税款而产生的合理费用。”
三、风险分析
对买方的风险：
- 发票风险：买方需确保卖方按规定开具增值税发票，以便进行进项税额抵扣。若卖方未履行开票义务，买方可能无法享受税收利益。因此，在合同中应明确卖方的开票义务和违约责任。
- 税收政策变化风险：税率调整等税收政策变化可能影响买方的实际税负。因此，合同中可以约定税收政策变化时的税费承担机制，如按照新税率重新计算增值税款等。
对卖方的风险：
- 税务合规风险：如前所述，卖方作为法定的纳税义务人，需确保按时足额缴纳增值税。若买方未按约定支付税款，卖方可能面临税务机关的行政处罚。因此，在合同中应明确买方的付款义务和违约责任。
四、建议与对策
- 在签订涉及增值税承担的合同时，双方应充分了解相关法律法规和税务规定，确保约定的合法性和有效性。
- 合同中应明确约定增值税的承担方式、发票开具与交付、税务合规风险防控等条款，以降低潜在的法律纠纷和风险。
- 若双方对增值税的承担方式存在争议或不确定如何约定，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和税务筹划建议。
综上所述，合同中约定增值税由支付方承担是有效的，但双方在签订合同时应充分考虑税务风险、合同细节以及法律合规的重要性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。