在合同中约定税款由一方承担是合法有效的，但需满足一定条件并遵循相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
一、合法性基础
意思自治原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动应遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。合同作为民事法律行为的一种重要形式，其内容由当事人自主协商确定。因此，当事人在合同中约定税费的承担方式，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，即具有法律效力。
税法与合同法的协调：
- 税法规定了纳税义务人的法定性，但合同法允许当事人在不违反法律强制性规定的前提下进行自由约定。这意味着，虽然税法明确了纳税义务人，但合同双方可以通过约定来确定税费的最终承担者。这种约定本质上是双方对交易成本的一种分配安排，具有法律效力。
二、具体分析
有效约定：
- 在房屋买卖、租赁、股权转让等合同中，双方可以约定由一方承担全部或部分税费。例如，在房屋买卖合同中，双方可以约定“本次交易产生的所有税费均由买方承担”或“卖方负责缴纳增值税，买方负责缴纳契税”。此类约定在双方真实意思表示且不违反法律强制性规定的情况下，通常是有效的。
- 约定税费承担时，应明确该条款的效力及可能存在的法律风险，以确保合同的合法性和有效性。例如，可以在合同中注明“双方约定，本次交易产生的税费由XX方承担，该约定不影响法定纳税义务的履行”。
无效或可撤销约定：
- 如果约定的税款承担违反了法律法规的强制性规定，特别是税收法律法规中明确规定某些税款应由特定主体承担的情况，那么该约定将无效或被撤销。例如，如果税法规定企业所得税必须由企业自行缴纳，那么合同中约定由个人承担企业所得税的条款将无效。
- 如果约定的税款承担构成逃税或避税行为，触犯税法的相关规定，同样会被视为无效。逃税或避税行为不仅会导致合同条款无效，还可能面临税务机关的处罚。
纳税义务人的法定性：
- 税法明确规定了各项税收的纳税义务人，即使合同约定税费由对方承担，法定纳税义务人仍有依法缴纳税款的义务。税务机关在征税时，会向法定的纳税义务人追缴税款，而不是依据合同约定向实际承担税费的一方征税。
- 如法定纳税义务人未履行纳税义务，税务机关将向其追缴税款、加收滞纳金并可能给予行政处罚。法定纳税义务人缴纳税款后，可依据合同约定向对方追偿。
三、注意事项与建议
明确纳税义务与税费承担：
- 在商业交易中，双方应明确各自的纳税义务，并依法缴纳税款。同时，可以在合同中明确约定税费的承担方式，以避免后续争议。
详细合同条款：
- 在合同中约定税费承担时，应使用清晰、明确的语言描述，并注明该条款的效力及可能存在的法律风险。例如，可以约定“双方约定，本次交易产生的税费由XX方承担。如因该约定导致任何法律纠纷或税务处罚，由承担税费的一方自行负责”。
关注税费政策变化：
- 税收政策可能随时间发生变化，当事人在签订合同时应关注相关政策动态，并在合同中约定相应的调整机制或处理方式。例如，可以约定“如因税收政策变化导致税费增加或减少，双方应协商调整税费承担方式”。
举例说明：
假设在一份房屋买卖合同中，双方约定“本次交易产生的所有税费均由买方承担”。在合同履行过程中，如果税务机关要求卖方缴纳企业所得税（假设该房屋属于企业资产），那么卖方仍有义务依法缴纳企业所得税。卖方缴纳税款后，可以依据合同约定向买方追偿该部分税费。但如果合同中约定的税费承担方式违反了法律法规的强制性规定（如约定由个人承担企业所得税），则该约定将无效。
总结：
在合同中约定税款由一方承担是合法有效的，但需确保不违反法律法规的强制性规定、不损害国家利益和社会公共利益。为确保合同的合法性和有效性，建议在签订前仔细审查合同条款，并明确约定税费承担方式及可能存在的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。