流感连休6天假是否扣工资，需根据具体情况来判断，以下从不同角度进行分析：

1. 医疗期内的病假：

   • 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，企业应根据员工本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予一定的医疗期。在医疗期内，企业不得解除劳动合同，且应按照规定支付病假工资或疾病救济费。
   • 病假工资计算：病假工资可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。具体计算公式可能因地区而异，但一般形式为：病假工资 = 当地最低工资标准 × 80%（或更高比例，根据企业规定或地方性法规）。若员工流感连休6天假处于医疗期内，且企业有相关规定或地方性法规支持，则企业应按照上述方式支付病假工资，不会全额扣除工资。

2. 非医疗期的请假：

   • 如果员工流感请假6天并不处于医疗期内，或者企业没有规定医疗期内的病假工资支付方式，那么员工请假期间的工资支付将取决于企业的规章制度或劳动合同中的约定。
   • 企业规章制度：若企业规章制度中明确规定了请假期间的工资支付方式（如按事假处理，扣除当日工资），且该规章制度已经过民主程序制定并公示，员工也已知悉并同意，则企业可以按照规章制度扣除员工请假期间的工资。
   • 劳动合同约定：如果劳动合同中明确约定了请假期间的工资支付方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则企业应按照劳动合同的约定执行。

3. 特殊情况下的工资支付：

   • 如果员工因流感导致严重病情，需要长时间治疗，且符合当地关于特殊疾病医疗期的规定，那么员工可能享有更长的医疗期，并在此期间享受相应的病假工资待遇。
   • 另外，如果企业因流感疫情等特殊情况而停工停产，那么根据相关规定，企业在一个工资支付周期内的应按照劳动合同规定的标准支付员工工资；超过一个工资支付周期的，若员工提供了正常劳动，则支付给员工的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若员工没有提供正常劳动，则企业应按照不低于当地最低工资标准的70%支付员工生活费。但这种情况并不直接适用于员工个人因流感请假的情况。

建议：

• 员工在请假前应了解企业的规章制度和劳动合同中的相关约定，以便明确请假期间的工资支付方式。
• 如果员工对企业的工资支付方式有异议，可以与企业进行协商；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

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