关于职业健康体检中检查肝功能两项是否合规合法的问题，这主要取决于具体的体检项目设置是否遵循了相关法律法规和政策指导。

首先，我们需要明确的是，职业健康体检的目的是为了评估劳动者在特定工作环境下的健康状况，预防职业病的发生，保障劳动者的健康权益。因此，体检项目的设置应当与工作岗位的实际需求紧密相关，且不得违反相关法律法规的规定。

针对您提到的肝功能两项检查，这通常指的是肝功能的基本指标，如谷丙转氨酶（ALT）和谷草转氨酶（AST）等，用于评估肝脏的基本功能状态。在职业健康体检中，如果这些检查项目与工作岗位的实际需求相关，且没有违反相关法律法规的禁止性规定，那么进行这样的检查是合规合法的。

然而，重要的是要参考最新的政策指导。根据国务院办公厅印发的《关于进一步做好高校毕业生等青年就业创业工作的通知》等相关政策文件，明确要求用人单位在入职体检中不得违法违规开展乙肝、孕检等检测，且应合理确定入职体检项目。虽然这一通知主要针对的是入职体检，但职业健康体检同样应遵循合理、必要、非歧视的原则。

如果肝功能两项检查被合理确定为与特定工作岗位相关的必要检查项目，且没有违反其他相关法律法规（如不得进行不必要的、侵犯隐私的检查等），那么这样的检查是合规合法的。但如果检查项目设置不合理，或者与工作岗位需求无关，甚至存在侵犯劳动者隐私等违法行为，那么这样的检查则是不合规不合法的。

此外，还需要注意的是，进行职业健康体检的医疗机构必须具备相应的资质和条件，如持有《医疗机构执业许可证》等。如果无资质机构擅自开展职业健康检查，将面临行政处罚等法律责任。

综上所述，职业健康体检中检查肝功能两项是否合规合法，取决于检查项目是否与工作岗位实际需求相关、是否违反相关法律法规的禁止性规定，以及进行体检的医疗机构是否具备相应资质。因此，在进行职业健康体检时，建议用人单位和劳动者都应仔细了解体检项目的设置和目的，确保体检的合规性和合法性。