针对您提出的“占用耕地违建已建成想加层怎么处理”的问题，这是一个涉及违法建设和土地管理的重要议题。以下是我根据相关法律法规，为您提供的详细解答及建议：
一、明确违法性质
首先，需要明确的是，占用耕地进行违法建设，包括已建成建筑想要加层，都是违反《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规的行为。这种行为不仅损害了国家土地资源的合理利用，也可能对农业生产造成严重影响。
二、立即停止违建加层行为
鉴于您的建筑已经属于违法建设，且您还想要进行加层，这无疑是进一步加重了违法性质。因此，我强烈建议您立即停止这一行为，避免给自己带来更严重的法律后果。
三、自行整改建议
拆除违法加层部分：
- 如果您已经进行了加层建设，那么应自行拆除这部分违法建筑，以恢复耕地的原状或至少减轻对耕地的破坏。
整体拆除并恢复耕地：
- 考虑到您的整个建筑都是违法建设，更稳妥的做法是整体拆除违法建筑，并将耕地恢复到可种植状态。这包括清理建筑垃圾、平整土地和改良土壤等工作，以确保耕地能够重新用于农业生产。
补办审批手续（如可能）：
- 如果您认为您的建筑或加层部分有可能符合土地利用总体规划和城乡规划要求，那么您可以向当地自然资源主管部门和农业农村主管部门咨询并申请补办审批手续。但需要注意的是，由于您的建筑已经属于违法建设，补办手续的成功率可能较低，且需要满足一系列严格条件。
四、接受政府部门处理及法律后果
行政处罚：
- 自然资源主管部门有权对您的违法占用耕地建设行为进行处罚，包括罚款、没收违法建筑物等。罚款金额将根据违法占用耕地的面积和情节严重程度确定。
强制拆除：
- 如果您在规定期限内未自行拆除违法建筑，且未提起行政复议或诉讼，行政机关可依法申请人民法院强制执行。拆除费用将由您承担。
刑事责任：
- 如果您的非法占用耕地数量较大，且造成了耕地大量毁坏，那么您可能构成非法占用农用地罪，将面临五年以下有期徒刑或拘役，并处罚金的刑事处罚。
五、法律建议与提醒
- 立即停止违建行为：避免进一步加重法律责任。
- 主动报告并配合调查：向当地土地管理部门或城乡规划部门报告情况，并积极配合其调查和处理工作。
- 寻求专业法律帮助：咨询有经验的律师，以了解具体法律规定、评估法律责任，并获得合适的法律建议。
- 遵守法律法规：尊重并遵守国家法律法规，通过合法途径解决问题，是维护自身权益和社会公平正义的关键。
综上所述，占用耕地进行违法建设并想要加层是严重违法行为，您应尽快采取整改措施并接受政府部门的处理。同时，增强法律意识，遵守相关法律法规，是避免类似问题发生的关键。希望您能够认真对待这一问题，并采取积极措施加以解决。